A szigetet a kora középkortól a frízek lakják. 1402 és 1714 között a schleswigi területekkel együtt Dánia fennhatósága alá került. 1814-ben a britek szerezték meg. Napóleon kontinentális zárlata idején Nagy-Britannia számára létfontosságú volt a jelentős csempészetet lebonyolító sziget. Helgolandot Németország a kelet-afrikai Zanzibár szigetéért kapta meg cserébe, a Helgoland–Zanzibár-egyezmény keretében. Az átadást megpecsételő kézfogásra 1890. augusztus 10-én került sor Sir Barkley angol kormányzó és a csónakból partra szálló II. Vilmos császár között. Az Elba torkolatában, stratégiai helyen fekvő szigetet az első és a második világháború idején valóságos erőddé építették ki. A hadiflotta bázisául szolgáló szigeten a sziklába hét emelet mélyen alakítottak ki bunkerrendszert. 1945. április 18-án közel ezer angol repülőgép emiatt bombázta le a szigetet. A háborút követően, a megszálló britek a lakosságot kitelepítették, majd két évvel a bombázás után 1947. április 18-án a sziklaüregeket berobbantották. Eredetileg az egész szigetet el akarták tüntetni a föld színéről, ezt azonban nem sikerült megvalósítani. Ezután 1952-ig a Brit Királyi Légierő gyakorlótérnek használta a szigetet, a lakosság csak ekkor térhetett vissza.