Visoku sinagogu (češki: Vysoká synagoga) financirao je Mordechai Maisel, a dovršena je 1568., iste godine kad i Židovski grad Dvorana. Vjerojatno je napravljena po uzoru na Visoku sinagogu u Krakovu, koja je izgrađena 1556. godine u Poljskoj. Kuću je projektirao P. Roder u renesansnom stilu (nadzorni graditelj bio je majstor Rada). Osmišljen je kao mjesto za propovijedanje vijećnika židovske gradske vijećnice. U sredini su bile bime, okružene sjedalima. Mordechai Maisel sinagogi je dao dijelove Tore i srebrni alat. Strop od štukature bio je gotički rebrasti svod.

Godine 1689. uništio ju je veliki požar. Sinagoga je obnovljena.

Godine 1883. sinagogu je obnovio J. M. Wertmüller. Tijekom ove izmjene fasada je pojednostavljena do suvremenog izgleda.

Godine 1907. istočni ulaz je zatvoren, a novi ulaz je napravljen prema Crvenoj ulici (Červená ulice).

Druge rekonstrukcije bile su tijekom 1961., 1974.–79. i 1982. godine.

Za vrijeme nacističke i komunističke vladavine sinagoga je bila dio Židovskog muzeja i tu je bila izložba starih hebrejskih knjiga.