मानववास यहाँ पर ईसा के 2000 साल पहले से है। ऐसा माना जाता है कि आज के उज़्बेकों ने वहाँ पर पहले से बसे आर्यों को विस्थापित कर दिया। सन् 327 ईसापूर्व में सिकंदर जब विश्व विजय (जो वास्तव में फ़ारस विजय से ज्यादा अधिक नहीं थी) पर निकला तो यहाँ उसे बहुत प्रतिरोध का सामना करना पड़ा। उसने यहाँ की राजकुमारी रोक्साना से शादी भी की पर युद्ध में उसे बहुत फ़ायदा नहीं हुआ। सिकंदर के बाद ईरान के पार्थियन तथा सासानी साम्राज्य का अंग यह आठवीं सदी तक रहा। इसके बाद अरबों ने ख़ुरासान पर कब्जा कर लिया और क्षेत्र में इस्लाम का प्रचार हुआ।

नौंवी सदी में यह सामानी साम्राज्य का अंग बना। सामानियों ने पारसी धर्म त्यागकर सुन्नी इस्लाम को आत्मसात किया। चौदहवीं सदी के अंत में यह तब महत्वपूर्ण क्षेत्र बन गया जब यहाँ तैमूर लंग का उदय हुआ। तैमूर ने मध्य और पश्चिमी एशिया में अद्भुत सफ़लता पाई। तैमूर ने उस्मान (ऑटोमन) सम्राट को भी हरा दिया था। उन्नीसवीं सदी में यह बढ़ते हुए रूसी साम्राज्य और 1924 में सोवियत संघ का सदस्य का अंग बना। 1991 में इसने सोवियत संघ से आजादी हासिल की।