עדויות ארכאולוגיות מבססות את גידול הגפנים בבורגון כבר במאה השנייה לספירה, אם כי הקלטים אולי גידלו גפנים באזור לפני הכיבוש הרומי של גאליה בשנת 51 לפני הספירה. סוחרים מיוון הארכאית, שבה היה נהוג גידול גפנים ליין מאז התקופה הנאוליתית העליונה, ייסדו את מאסליה בשנת 600 לפני הספירה, וסחרו במעלה עמק הרון, אליו הגיעו הרומאים לראשונה במאה השנייה לפני הספירה. השבחים המוקדמים ביותר המתועדים על יינות בורגון נכתבו בשנת 591 על ידי גרגוריוס מטור, שהשווה אותו ליין הרומי הטוב ביותר המכונה יין פלרניאן (אנ').[1]

לנזירים ולמנזרים של הכנסייה הקתולית הייתה השפעה חשובה על ההיסטוריה של היין של בורגון. התרומה הראשונה הידועה של כרם לכנסייה הייתה על ידי המלך גונתרם בשנת 587, אך השפעת הכנסייה נעשתה חשובה בעידן קרל הגדול. הבנדיקטינים הפכו, באמצעות מנזר קלוני שנוסד בשנת 910, לבעלים של הכרמים הגדולים בבורגון במאות השנים הבאות. מסדר נזירים נוסף בעל השפעה רבה היה מסדר הציסטרציאנים, שנוסד בשנת 1098 ונקרא על שם מנזר סיטו (אנ'), המנזר הראשון שלהם, הממוקם בבורגון. הציסטרציאנים יצרו את הכרם הגדול ביותר של בורגון, קלו דה ווז'ו (אנ'), בשנת 1336. חשוב מכך, הציסטרציאנים, בעלי כרמים נרחבים ככל שהיו, היו הראשונים להבחין כי חלקות כרם שונות נתנו יינות שונים באופן עקבי. לכן הם הניחו את התשתית המוקדמת ביותר למתן שמות של קרו בורגון והבנה לחשיבות הטרואר באזור.[1]

מכיוון שלבורגון אין גישה לים, מעט מאוד מהיין שלה נשלח מהאזור בתקופת ימי הביניים, אז היין הועבר בחביות, כלומר נתיבי מים היוו את האמצעי המעשי היחיד להובלה לטווח הרחוק. החלק היחיד של בורגון שממנו אפשר היה לשלוח יין לפריז בצורה מעשית היה האזור סביב אוסר באמצעות הנהר היון (אנ'), יובל של הנהר סן. אזור זה כולל שאבלה, אך היו בו כרמים נרחבים הרבה יותר עד המאה ה-19. אלה היו היינות המכונים "ואן דה בורגון" (vin de Bourgogne) בטקסטים מוקדמים. היינות מקוט ד'אור נקראו אז "ואן דה בון" (vin de Beaune) יינות אלה התפרסמו לראשונה במאה ה-14, בתקופת גלות האפיפיורים בעיר אביניון, שאליה הגיעו באמצעות הנהרות סון ורון לאחר שהיין הובל תחילה ביבשה. בפזרנות האופיינית לחצר האפיפיור באותה תקופה, נחשב יין בון בדרך כלל כיין המשובח ביותר, וטוב מכל מה שהיה ברומא באותה תקופה.[1]

מעמדם של יינות בורגון נמשך בחצר המלכים של בית ולואה, ששלטו על הדוכסים של בורגון בחלק גדול מהמאות ה-14 וה-15. האיסור שהטילו על ייבוא וייצוא של יינות שאינם מבורגון, ובכך לחסום למעשה את היינות העממיים של עמק הרון בפני שוקי צפון אירופה, העניק דחיפה ניכרת לתעשיית היין של בורגון. מתקופה זו קיימים התיעודים המהימנים הראשונים לזני ענבים בבורגון. פינו נואר הוזכר לראשונה בשנת 1370 בשם Noirien, אך משערים כי גידלו זן זה מוקדם יותר מכך, מאחר שאין זן ענבים אחר הקשור לבורגון מימי הביניים, משערים שהצליחו לייצר יינות אדומים באיכות המסוגלת להרשים את חצרו של האפיפיור. ב-6 באוגוסט 1395 פרסם פיליפ השני, דוכס בורגונדיה צו שעניינו שמירה על איכות יינות בורגון. הדוכס הכריז על "גמאיי השפל והבוגדני", שהיה ענב מניב יותר מפינו נואר במאה ה-14, כפי שהוא גם כיום, לא ראוי לצריכה אנושית ואסר על שימוש בדשן אורגני (זבל), אשר כנראה הגדיל התפוקה עוד יותר על חשבון האיכות. יינות בורגון לבנים איכותיים מתקופה זו יוצרו כנראה מפרומנטו (אנ'), שהיה ידוע כענב איכותי בצפון-מזרח צרפת בתקופה זו. פרומנטו הוא כנראה אותו זן כמו פינו גרי של ימינו. שרדונה היא תוספת מאוחרת הרבה יותר לכרמים של בורגון.[1]

במאה ה-18 השתפרה בהדרגה איכות הדרכים בצרפת, מה שהקל על המסחר ביינות בורגון. בתי המסחר ליין הראשונים של האזור הוקמו בשנות ה-20 וה-30 של המאה ה-18. במאה ה-18, התחרו בורגון ושמפאן על שוק הרווחי של פריז, שאליו הגיעה השמפניה מוקדם יותר. שני האזורים חופפים הרבה בסגנונות היין בעידן ההוא, מכיוון ששמפאן הייתה אז בעיקר יצרנית יינות אדומים בהירים (רוזה) ולא יינות מבעבעים. עבודת מחקר מרכזית על יינות בורגון שנכתבה על ידי קלוד ארנו בשנת 1728 עוסקת ביינות האדומים המפורסמים של קוט דה נואי וביינות הוורודים אייל-דה-פרדרי (Œil-de-Perdrix) של הקומונה וולניי (אנ') בבורגון, אך מזכירה רק בקצרה יינות לבנים.[1]

לאחר שבורגון סופחה לממלכת צרפת, וכוח הכנסייה פחת, נמכרו כרמים רבים שהיו בידי הכנסייה לבורגנים מהמאה ה-17. לאחר המהפכה הצרפתית של 1789, פוצלו הכרמים שנותרו בחזקת הכנסייה ונמכרו מ-1791.[1] חוקי הירושה הנפוליאוניים הביאו אז להמשך חלוקת האחזקות הכרמים היקרים ביותר, ולכן היו מגדלים שהחזיקו בבעלותם רק שורה או שתיים של גפנים. זה הוביל להופעתם של סוחרים המכונים בצרפתית "נגוסיאן" (négociants) המקבצים את תוצרתם של מגדלים רבים לייצור יין אחד. זה הביא גם לשפע של יקבים קטנים יותר ויותר שבבעלות משפחתית, המודגם על ידי עשרות היקבים המשפחתיים שאליהם צמודה חלקת כרם.

המודעות להבדלי האיכות והסגנון של יינות בורגון המיוצרים מכרמים שונים התחילה עוד בימי הביניים, כאשר קלימאט מסוים זכה לדירוג גבוה יותר מאחרים. מחבר מוקדם בהיבט זה של יינות בורגון היה דני מורלו (Denis Morelot) בספרו "הגפן והיין בקוט ד'אור" (La Vigne et le Vin en Côte d'Or) משנת 1831. בשנת 1855, באותה השנה בה הושק הסיווג הרשמי המפורסם של יין בורדו, פרסם ד"ר ז'יל לוואל (Jules Lavalle) ספר רב השפעה "ההיסטוריה והסטטיסטיקה של גפן היין המשובחת של קוט ד'אור" (Histoire et Statistics de la Vigne de Grands Vins de la Côte-d'Or), שכלל סיווג לא רשמי של כרמי בורגונדי לחמש מחלקות, ושהסתמך על ספרו של מורלו. בסדר יורד, חמש המחלקות של לאוול היו: "קו חיצוני" (hors ligne), "ראשית הבציר" (tête de cuvée), "בציר ראשון" (1ère cuvée), "בציר שני" (2me cuvée) ו"בציר שלישי" (3me cuvée). סיווגו של לאוול הפך רשמי בצורה שונה על ידי ועדת החקלאות של בון בשנת 1861, ואז הורכב משלוש מחלקות. מרבית כרמי ה"מחלקה הראשונה" של סיווג 1861 הפכו לגראן קרו של כינוי מקור מבוקר (Appellations d'Origine Contrôlée, בראשי תיבות AOC) כאשר החקיקה הלאומית של ה-AOC הוטמעה בשנת 1936.[1]

יינות בורגון חוו שינויים רבים במהלך 75 השנים האחרונות. בעקבות השפל הכלכלי בשנות השלושים של המאה העשרים, ואחריו החורבן שגרמה מלחמת העולם השנייה. לאחר המלחמה חזרו המגדלים לביתם לכרמים שלהם שהוזנחו. האדמות והגפנים סבלו ונזקקו מאוד לטיפוח. המגדלים החלו לדשן, והחזירו לכרמיהם את בריאותם. מי שיכול היה להרשות לעצמו הוסיף אשלגן, דשן מינרלי התורם לצמיחה נמרצת. באמצע שנות ה-50 של המאה ה-20 היו הקרקעות מאוזנות, התפוקות היו נמוכות למדי והכרמים ייצרו כמה מהיינות המדהימים ביותר במאה ה-20.

במשך 30 השנים הבאות פעלו המגדלים לפי עצותיהם של מומחים ידועים בתחום גידול ענבים ליין, אשר יעצו להם להמשיך לרסס את כרמיהם בדשנים כימיים, כולל אשלגן. אמנם כמות מסוימת של אשלגן טבעית בקרקע ומועילה לצמיחה בריאה, אך יותר מדי אשלגן מזיק מכיוון שהוא מוביל לרמות חומציות נמוכות, מה שמשפיע לרעה על איכות היין.

ככל שריכוז הכימיקלים באדמה גדל, כך גדלו התפוקות. ב-30 השנים האחרונות, עלו התפוקות בשני שלישים בכרמים של כינויי המקור המבוקרים של קוט ד'אור, מ-2,900 ליטרים להקטאר (hl / ha) (ממוצע שנתי בין 1951 ל-1960) לכמעט 4,800 ליטרים להקטאר (1982–91), כך עולה ממחקר שערך המכון הלאומי לכינויי מקור. עם תפוקות גבוהות יותר הגיעו יינות טעימים פחות ופחות מרוכזים. תוך 30 שנה, האדמות התדלדלו באופן משמעותי מחומרי המזון הטבעיים שלהם.

התקופה שבין 1985 ל-1995 הייתה נקודת מפנה בבורגון. במהלך תקופה זו, יקבים משפחתיים רבים בבורגון חידשו את המאמצים בכרמים והעמידו בהדרגה דרך חדשה בייצור יין, וייצרו יינות עמוקים ומורכבים יותר. כיום תעשיית היין בבורגון קוטפת את הפירות של מאמצים אלה.

בורגון סובלת מההתפתחויות הכלליות בשוקי היין מאז אמצע שנות התשעים: יין מאוסטרליה, ניו זילנד, ארגנטינה, צ'ילה וארצות הברית, המיוצר בטכניקות אגרו-תעשייתיות, חודר לכל השווקים. העבודה היקרה והעלויות הגבוהות של יין צרפתי ממדרגה ראשונה מוערכים פחות ופחות בשוק. זה יוצר לחץ על מחירים וכמויות שגם הכורמים בבורגון מרגישים. חובב יין בוודאי מעריך את המאפיינים המיוחדים של בורגון על מנת להסכים לרמת המחירים הגבוהה של בורגון ביחס ליינות באיכויות הגבוהות ביותר. לא מעט חובבי יין יאחסנו בסופו של דבר כמה בקבוקים של בורגון מעולה לאירועים מיוחדים, אך יכסו את הצורך הרגיל שלהם ביינות מאזורים אחרים.