האוניברסיטה קיבלה אישור ב-1290 בידי המלך הפורטוגזי דיניש בליסבון. תאריך האמנה המלכותית המכריזה על הקמת האוניברסיטה הוא ב-1 במרץ של אותה שנה, אם כי המאמצים להקמת אוניברסיטה ראשונה בפורטוגל החלו לפחות שנתיים קודם לכן. לפי כך, האוניברסיטה היא אחד המוסדות העתיקים ביותר מסוג זה בחצי האי האיברי ובאירופה בכלל. האישור האפיפיורי להקמת האוניברסיטה ניתן גם הוא ב-1290 (ב-9 באוגוסט של אותה השנה) במהלך כהונתו של האפיפיור ניקולאוס הרביעי. הבולה האפיפיורית אישרה את הקמת כל הפקולטות הכשרות, למעט תאולוגיה. וכך הוקמו הפקולטות הראשונות, לאומנות, למשפטים, למשפט הקנוני ולרפואה.

האוניברסיטה לא נשארה זמן רב בליסבון. ב-1308 עברה האוניברסיטה לקוימברה, כנראה בשל הצורך להשתחרר מפיקוח הכנסייה (היחסים בין הדרג הפוליטי לכנסייה באותה תקופה היו מתוחים במידת מה) ובשל עימותים בין תושבי העיר לבין הסטודנטים. לקוימברה הייתה כבר מסורת ארוכה בנושא חינוך בהיותה משכן לבית הספר המצליח של מנזר סנטה קרוז. האוניברסיטה שוכנה באתר הידוע כ-"Estudos Velhos", כיום מיקומה של הספרייה הראשית.

האוניברסיטה הועברה בחזרה לליסבון ב-1388 בזמן שלטונו של המלך אלפונסו הרביעי והוחזרה לקוימברה ב-1354, הפעם למרכז העיר שהייתה אז בתהליך התרחבות. האוניברסיטה הועברה שוב לליסבון ב-1377 בזמן שלטונו של פרננדו הראשון ונשארה שם למשך מאה וחמישים שנה. האישור להקמת הפקולטה לתאולוגיה מתוארך לתקופה זו סביב 1380.

האוניברסיטה חזרה לקוימברה והפעם לתמיד ב-1537 בזמן שלטונו של המלך ז'ואו השלישי. הפעם הוקמה האוניברסיטה בארמון Alcaçova. כל האוניברסיטה, כל צוות המורים והספרים מהספרייה הועברו מליסבון לקוימברה. באותו הזמן נעשו שינויים נרחבים בתוכנית הלימודים והתקבלו מרצים נוספים כולל זרים.

במאה ה-18 ביצע המרקיז של פומבל, שר הממלכה, רפורמות קיצוניות באוניברסיטה במיוחד בנוגע ללימודי המדעים, בהתאם להשקפתו האנטי־דתית והנאורה.