על פי דרישתו של פולני גולה לשעבר, זואולוג וגאוגרף ידוע ב. דיבובסקי, בקמצ'טקה בשנת 1880 הוכנסו בשטח השמורה תקופות מוגבלות לראשונה לציד צובלים (מ-1 במרץ עד 15 באוקטובר). מאוחר יותר פנה דיבובסקי, בשם תושבי מחוז פטרופאבלובסק, לממשלה בבקשה להצהיר על מחוזות קרונוצק ואסאצ'י כמוגנים. הבקשה התקבלה ובשנת 1882, כדי להגן לא רק על הצובלים, אלא גם על הכבשים, האיילים ולוטרות הנהרות, הוקמה שמורה על אדמות אלה. אמצעי השימור נתנו תוצאה מובהקת, אם כי לשמורה לא היה מימון, ומדיניות הגבלת הציד תוחזקה רק על ידי כוחות האוכלוסייה המקומית, שהיו מעוניינים לשמור על המשאבים.

ניסיונות ליצור שמורת טבע נמשכו. בשנים 1916–1917 עבדה משלחת של משרד החקלאות בקמצ'טקה, ועל פי תוצאות המחקר שלה, ב-8 ביולי 1917 הוכרז אזור קרונוצקאיה כשמורת טבע על ידי ממשלת רוסיה הזמנית החדשה. אולם בשל מלחמת האזרחים, תוכנית זו לא יושמה.

רק לאחר כינון השלטון הסובייטי, בשנת 1926, התכנס הוועד הפועל של המחוז, ובשנת 1929 הוועד הפועל המחוזי של קמצ'טקה החליט לארגן את שמורת קרונוצקי, שנוצרה ב־1 ביוני 1934.

עד 1938 הוכפפה השמורה לארגוני ציד שונים, שאז היו אחראים להגנה על הטבע, ולאחר מכן הועברו לוועד הפועל המרכזי של רוסיה, ובשנת 1951 חוסלה. זאת בשל הקו בנושא "כיבוש הטבע" וההכרה ב"שמירת טבע פאסיבית" כלא מועילה. מאז שנות השלושים, למרות הכרזת הממשלה, נערכו חיפושים אחר נפט. בשנת 1959 שוחזרה שמורת קרונוצקי במסגרת מערכת ממלכתית להגנה מפני ציד, אך ב־10 ביוני 1961 חוסלה שוב.

באביב 1967 שוחזרה השמורה (בשטח של 964 אלף דונם)[1] לבקשת המשתתפים במפגש הוולקולוגים השני של ברית המועצות, זאת במטרה לשמור על הרי הגעש במקום.