אנשי הדנה השתמשו בקרקעות סביב לפארק במשך אלפי שנים. ההתיישבות האנושית הראשונה באזור אירעה ככל הנראה לפני 9,000 עד 10,000 שנים. עדויות לשימוש פרהיסטורי נמצאו באגם יוהין ובאתרים אחרים ברחבי הפארק. ההיסטוריה הכתובה של האזור מכילה התייחסויות רבות לשבט נאהא, שאנשיו היו יושבי הרים שנהגו לפשוט על יישובים בגבהים נמוכים יותר. אנשים אלה נעלמו, והסיבות לכך טרם נודעו.

המגע הראשון עם סוחרי פרווה אירופאים התרחש במאה ה-18, והמגעים התרחבו עם תחילת המחקר של אלכסנדר מקנזי בנהר מקנזי ובניית תחנות סחר בפורט סימפסון ובפורט ליארד. במאה ה-19 נטשו מרבית משפחות הדנה את אורח חייהם הנוודי, והתיישבו בקהילות קבועות יותר, ובמקרים רבים בקרבת תחנות הסחר.

בשלהי המאה ה-19 נדדו האינדיאנים יושבי ההרים מאזור נאהאני במורד הנהר עם סירותיהם המצופות בעור של אייל קורא, על מנת לסחור בתוצרת הפרוות מהחורף. סירות אלה היו מבוססות על הסירות של חברת מפרץ הדסון, ואורכן היה כ-20 מטרים. הן נבנו משש עד עשר יריעות עור של אייל קורא שנתפרו ביחד ונמתחו מעל למסגרת שנבנתה ממוטות אשוחית. משפחות שלמות יכלו לשבת בסירות, וכן כלביהן ומטען הפרוות. עם הגעת הסירה ליעדה היא פורקה והיריעות נסחרו ביחד עם הפרוות. לאחר ביקור במצודות חזרו האינדיאנים לבתיהם רק עם מה שיכלו לשאת על כלביהם.

עם תחילת הבהלה לזהב של קלונדייק נפוצו סיפורים על הנאהא ועל האזורים המסוכנים שבהם הם מתגוררים, וזאת כאשר מחפשי זהב ניסו להשתמש בהם על מנת למצוא את הדרך לשדות הזהב המפורסמים של יוקון, או למצוא את הונם בנהרות פלאט וסאות' נאהאני. ב-1908 נמצאו גופותיהם חסרות הראש של מחפשי הזהב המסטיסים וילי ופרנק מקלאוד, ובעקבות כך נפוצו אגדות על עמקים רדופים על ידי רוחות רפאים שבהם זהב אבוד, וזאת אף על פי שמעולם לא נמצאו כמויות זהב משמעותיות. מקרי מוות נוספים של מחפשי זהב בשנים הבאות הוסיפו נופך לאגדות. שמם של מקומות אחדים בפארק, כגון עמק דדמן (איש מת), נחל הדלס (חסר ראש), ורכס פיונרל (הלוויה), נושא עדות לאגדות הללו.

ב-1964 ביקר באזור של הפארק החוקר ז'אן פוארה ממונטריאול, ובהתאם לתוכניתו שט במורד הנהר בסירת דינגי מתנפחת. במהלך ארבע משלחות המחקר שלו בעמק הוא גילה למעלה מ-250 מערות. אחת הידועות מביניהן הכילה 116 שלדים של הכבש Ovis dalli, שתוארכו באמצעות תיארוך פחמן-14 לשנת 2500 לפנה"ס בקירוב. הערותיו על טופוגרפיית הפארק, והמפות המפורטות שלו, סללו את הדרך להקמת הפארק.

הפארק הוקם ב-1972, בתקופת כהונתו של ראש ממשלת קנדה פייר אליוט טרודו, על שטח בגודל 4,766 קמ"ר. ב-1978 היה הפארק לאחד מארבעת אתרי הטבע הראשונים שהוכרזו על ידי אונסק"ו כאתר מורשת עולמית. ב-1987 הוכרז נהר סאות' נאהאני כנהר מורשת קנדי. כיום מבקרים בפארק עד 1,000 אנשים בכל שנה.

הפארק היה במעמד של שמורת טבע עד ליישוב המחלוקת עם שבטי ילידים שטענו לבעלות על חלק מהקרקעות. בשנת 2003 הושג הסכם בין הגוף שייצג את הילדים לבין סוכנות הפארקים הקנדית, ולפיו ניתנה הגנה זמנית לשטח של 23,000 קמ"ר. באוגוסט 2007 הוסיפה הממשלה הפדרלית שטח נוסף בגודל 5,400 קמ"ר. ב-9 ביוני 2009 הודיעו ממשלת קנדה וארגון הילידים המקומי על קידום חקיקה שתגדיל את שטח הפארק ל-30,050 קמ"ר.

שטחו החדש של הפארק מכיל למעלה מ-500 דובי גריזלי, שני עדרים של זן ההאייל הצפוני Rangifer tarandus caribou, ומינים של בעלי חיים נוספים. השטח החדש כולל בתוכו את ההרים הגבוהים ביותר ואת שדות הקרח הגדולים ביותר בטריטוריות הצפון-מערביות. הגישה לפארק היא בעיקר באמצעות טיסה, ועם הרחבת הפארק נוספו אתרי נחיתה חדשים, וכיום יש שבעה בסך הכל.