התיישבות במקום החלה בסביבות 1000 לפנה"ס. האגדה מספרת שסביליה הוקמה על ידי הרקולס. יותר סביר שהעיר הוקמה על ידי הפיניקים, ומדובר באל הפיניקי מלקרת (שהרקולס הוא המקבילה היוונית שלו) המסורת הפיניקית מספרת כי מלקרת הפליג אל מעבר למיצרי גיברלטר והקים תחנות מסחר בקדיס וסביליה של היום. השם עצמו בא מהגרסה הפיניקית של המילה "שפלה".[1][2] בהמשך נכבשה על ידי היוונים ולאחריהם נשלטה על ידי קרתחדשת.

בשנת 205 לפני הספירה הרומאים כבשו את העיר מהקרתגנים. חומות העיר נבנו בתקופת יוליוס קיסר. הקיסר טראיאנוס נולד בסביליה בשנת 53.

במשך כ-300 שנים, מתחילת המאה ה-5 ועד הכיבוש המוסלמי בשנת 712, סביליה הייתה חלק מהממלכה הוויזיגותית. בתחילת המאה השביעית פעל בה איזידורוס הקדוש שבהשפעתו עברו הוויזיגותים מהנצרות האריאנית לנצרות הקתולית.

בתקופה המוסלמית נקראה העיר "אישביליה", בערבית (اشبيلية), כפי שניתן לראות בחותם של הקהילה היהודית מאותה תקופה, וכפי שמעיד שמו של אחד הראשונים שחיו בספרד בימי הביניים, הריטב"א (ר' יום טוב בן ר' אברהם אל אישבילי).

בשנת 710 הוביל המנהיג הבֶּרְבֶּרִי טַרִיף, באמצעות תמיכתו של מנהיג ויזיגותי מקומי בשם ג'וליאן, פשיטה על חצי האי האיברי דרך מצרי טריפה. הצלחתו של טריף, הובילה את טאריק בן זיאד, העבד המשוחרר של המושל הערבי בצפון מערב אפריקה מוסא אבן נֻצַיר, לערוך פשיטה נוספת בחצי האי בראש צבא בן כ-7,000 איש. הוא הביס את הצבא הוויזיגותי ולכד את קורדובה וטולדו.[3] לאחר מכן בשנת 712 הגיע לחצי-האי אדונו לשעבר, מוסא אבן נֻצַיר, מלווה בצבא המונה כ-10,000 איש. מוסא כבש את סביליה ואזורים נוספים בדרום ספרד. המוסלמים הלכו והתפשטו עד שנת 718, במהלכה הושלם הכיבוש המוסלמי של חצי האי האיברי.

השלטון המוסלמי יצר סדר חברתי חדש בכך שביטל את מעמד האצולה והכמורה, וחילק את אדמותיו. בשל השיפור באיכות החיים אזרחים רבים המירו את דתם מנצרות לאסלאם, ויחד עם מהגרים מוסלמים רבים מצפון אפריקה והמזרח הביאו לשגשוג כלכלי בספרד. בשנת 741 בשליחות הח'ליפה מדמשק, באלאג' אבן-בישאר הביס את השלטון הבֶּרְבֶּרי והשליט ריבונות סורית על ספרד. לכל ג'ונד (מחוז צבאי) סורי, ניתנה בעלות על מחוז ספרדי, כאשר סביליה הוקצתה לג'ונד הסורי- חִמְף.[4]

לאורך התקופה המוסלמית בספרד, השלטון על סביליה עבר בין שושלות אומייות, עבאסיות, ושושלות מוסלמיות מקומיות.[5] למעט שתי תקופות בהן הייתה לממלכה עצמאית, סביליה הייתה כפופה לשלטון המרכזי בקורדובה.[6] בשל מיקומה על נהר הגואדלקיביר, סביליה הייתה לאחת מן הערים המרכזיות והחשובות בספרד המוסלמית. בזכות הנהר שסיפק לה קרקע פורייה, הייתה סביליה לאחת מערי המסחר החשובות באגן הים-התיכון.[7]

בשנת 756 הנסיך עבד א-רחמן הראשון, אשר ברח מהמהפכה העבאסית בבגדאד, הביס את יוסוף אל-פירחי, מושל אנדלוסיה. מערכת היחסים ההדוקה שנוצרה בין סוריה, בה ישבה החליפות האומיית, לבין המחוזות הספרדים, אפשרה לנסיך האומיי להכריז על עצמו כאמיר (נסיך) של אנדלוסיה, ולכונן בה שושלת אומיית עצמאית. האומיים עודדו הגירה מסיבית של אליטה אומיית סורית לקורדובה על-מנת לשמור על יציבות המשטר האומיי. למרות-זאת, במשך תקופת שלטון השושלת אנדלוסיה סבלה מניסיונות רבים של הפיכה וממרידות פנימיות; מצד הערבים, הברברים, וכן מצד נוצרים מקומיים ששיתפו פעולה עם כוחות מן הממלכה הפרנקית. תחת שלטונו של עבד א-רחמן השני, סביליה הפכה למוקד מסחר משגשג, דבר שהביא לפיתוח משמעותי של העיר והעלה את איכות החיים של תושביה.[8]

בשנת 844 החלו הנורמנים לפלוש לחצי האי האיברי. לאחר שהצליחו להביס את המוסלמים בערים אחרות, הגיעו בשנת 859 לחומות העיר של סביליה. במקום נערך קרב קשה שבסופו הנורמנים הוכרזו באופן לא רשמי כמנצחים, ושבו עם הביזה לספינותיהם שבליסבון. תוצאות הקרב היו קשות עבור סביליה; חומות העיר (אשר עמדו עוד מעידן האימפריה הרומית) הופלו, והמסגד אשר בנה א-רחמן השני נחרב.[9] תבוסה חלקית זו של הח'ליפות האומיית לנורמנים, בישרה את תחילת הנפילה של השושלת בחצי האי האיברי.

בשנת 888, נעשתה סביליה באופן זמני לעצמאית, אם-כי להלכה בלבד, תוך כיבוד שלטונו של איברהים אבן חיג'אג' השמיני, האמיר שישב בקורדובה. בשנת 913 היא סופחה חזרה לקורדובה, תחת שלטונו של הח'ליף עבד א-רחמן השלישי.[10] הח'ליף, ששיקם את העיר, הביא לפיתוח וקידום התשתיות ופני העיר בצורה משמעותית; הוא הרחיב והעמיק את תעלת נהר הגואדלקיוויר על-מנת לשפר את יכולת הניווט של ספינות המסחר, שתל עצי דקל שייבא מאפריקה, הקים גנים, והקיף את העיר בבניינים מרשימים. החשוב מכולם הוא המסגד, שעל-פי העדויות היה מרשים בגודלו וביופיו. בנוסף הייתה סביליה בתקופה זו בעלת חשיבות גדולה עבור הח'ליפות, בהיותה מרכז תרבותי ולימודי מפואר. בין האישים החשובים שצמחו בסביליה, היה המלומד המוערך, אבו עומר אחמד בן עבדאללה המכונה "המשכיל", שחיבר אנציקלופדיה של המדע.[10]

ניסיונות נוספים של פלישה נוצרית, נבלמו על ידי המפקד הצבאי מחמד אבן אבי עאמר המכונה אל-מנצור, שהצליח להדוף את הפולשים, ולהשיב את השקט לתקופה נוספת. בנו של המפקד, עבד א-רחמן סנג'ול, שירש את אביו בשנת 1009, הכריז על עצמו בתעוזה רבה כיורש החליף הסורי. הכרזה זו זעזעה את האימפריה המוסלמית, ובעקבות כך החלו ניסיונות הפיכה רבים של מושלים מוסלמים מקומיים, ששאפו להקים ישויות עצמאיות. הקאדי מחמד אבן עבאד, ניצל את ההזדמנות והפך עצמו לשליטה של סביליה, ובכך השיב את עצמאות העיר בשנית. זאת הוא ביצע בעורמה, תוך טענה כי הח'ליפות האומיית נפלה ומינתה אותו לשלטון.[11] השלטון המוסלמי בספרד החל לקרוס, ואנדלוסיה התחלקה לממלכות קטנות אשר כונו טָאִיפוֹת. המוסלמים שנחלשו לא היו עוד לשליטיה הבלעדיים של ספרד, וכל אחד מחלקיה היה תחת שלטון שונה; הברברים שלטו בדרום האי, הסלאבים במזרח, הערבים המקוריים שלטו בדרום-מערב, והנוצרים בצפון. הנוצרים שהלכו והתחזקו למול היחלשות המוסלמים, החלו לגבות מיסים משליטי הממלכות המוסלמיות של ספרד.[12]

בדור השני לשושלת העבאדית, תחת בנו של הקאדי, אבו עמרו עבאד (שידוע יותר בשם אל-מתעאצד), סביליה הייתה לעיר השנייה בחוזקה בספרד אחרי טולדו. אבו עמרו עבאד היה שליט תקיף ושאפתן, אכזרי ביותר, אשר ביצע מעשי זוועה במתנגדיו ונודע כשתיין ונהנתן.[13] הוא מת בשנת 1069, בנסיבות לא ברורות.[14] בנו אבו אל-קאסם מחמד, המכונה אל-מעתמד, המשיך את השלטון של השושלת העבאדית בסביליה.[15] בשונה מאביו, אל-מעתמד היה מלומד ואיש תרבות.[16] הנוצרים שהלכו והתעצמו, החלו להוות איום על הממלכה בסביליה. אל-מעתמד הצליח להשיג שקט של כמה שנים נוספות בזכות העובדה שחיתן את ביתו זאידה עם אלפונסו השישי, שליטה הנוצרי של קסטיליה.[15]

לאחר נפילת טולדו בידי אלפונסו השישי בשנת 1085, אל-מעתמד שיתף פעולה עם טאיפות אחרות כדי לבלום את הכיבוש הנוצרי של האזור.[17] שליטת העבאדים הגיעה לסופה עם עליית אל-מוראביטון, אשר הגיעו מצפון אפריקה באמצע המאה האחת-עשרה בהזמנת מלכי הטאיפות, שביקשו לחזק את הגבולות אל מול האיום הנוצרי של המלך אלפונסו השישי.[18] בשנת 1091 הח'ליף אבו יעקוב יוסוף, מנהיג אל-מוראביטון, סיפח את סביליה וכל אנדלוסיה תחת האימפריה שהקים.[19] הוא הביא לסיום שלטונו בן העשרים ושבע שנים של האמיר אל-מעתמד, שהוגלה לאפריקה ומת שם בשנת 1095. פחות מחצי מאה מאוחר יותר השלטון של אל-מוראביטון פינה את מקומו לעלייתם של אל-מֻוַואחִידוּן, אשר סיפחו את סביליה לאימפריה שהקימו בשנת 1146.[20]

אל-מֻוַואחִידוּן הוציאו לפועל מפעל ארכיטקטורי מכובד אשר במרכזו בניית מסגד הגירלדה, אחד מגורדי השחקים המרשימים ביותר שנבנו בימי הביניים,[21] אשר נבנה על חורבות המסגד שהוחרב על ידי הנורמנים. מלבד הבנייה המרשימה, אל-מֻוַואחִידוּן הפכו את סביליה למחוז המוסלמי החזק ביותר במערב, על ידי שיפור הכלכלה והמסחר.[22] אבו יעקוב יוסוף, היה הראשון אשר יצר מעבר משורת סירות צמודות אשר עליהם ניתן היה לחצות את נהר הגואדלקוויויר. הגשר תרם רבות לעמידותה של סביליה, משום שאיפשר תקשורת רציפה עם מוקדי התמיכה והאספקה של העיר מהעבר השני של הגדה.[23] שליטת אל-מֻוַואחִידוּן לא נמשכה יותר משבעים שנה.[24]

 

בשנת 1212 החלו הנוצרים תחת אלפונסו השמיני, מלך קסטיליה לתקוף את החליפות, והביאו להטיית הכף לטובתם בקרב לאס נאבאס דה טולוסה, בו ניצחו את החליף א-נאצר. הייתה זאת תחילת שקיעתו של שלטון אל-מֻוַואחִידוּן. א-נאסר שמר על שלטונו שבע שנים, שאחריהם ירש אותו בנו, אבו יוסוף יעקוב אל-מוסטאנסר, אשר שלט למשך ארבע שנים נוספות.[25] בשנים-עשר בדצמבר לשנת 1248, לאחר מצור שנמשך חמישה-עשר חודשים, פרננדו השלישי, מלך קסטיליה השתלט על העיר. בכך הביא לסיום השליטה המוסלמית על סביליה לאחר 536 שנה.[26]

סביליה שימשה שער לטריטוריות הספרדיות באמריקה במשך המאות ה-16 וה-17. מנהלת השלטון הקימה בה מוסדות פיקוח וניהול על מסעות המסחר והגילוי ועל האוצרות שהובאו ממושבות האימפריה באמריקה. בתקופה זו הוקמו רבים מהבניינים המרשימים בעיר, והעיר הפכה למרכז המסחרי הגדול בספרד. במאה ה 17 לאור משברים אירופאים ומקומיים ולאור קשיי השיט בנהר, מרכז הסחר עם האמריקות עבר לקאדיס, וסביליה ירדה מגדולתה.