האזור אוכלס על ידי היוונים בסביבות השנה 540 לפנה"ס, הם הגיעו דרך היבשה מעיר החוף Metaponto, הם קראו לאזור Montedoro. נמצאו באזור קברים שמתוארכים למאה ה-8 לפנה"ס, עובדה שמרמזת על יישוב קדום מתקופה זו.

שמה של העיר Craco ניתן לה בשנת 1060 לספירה על ידי ארלנדו ארכיבישוף Tricario שהיה הבעלים של האדמה בעת ההיא. הוא קרא לאזור כולו בשם Graculum שפירושו בלטינית "חרש שדה". שיתוף הפעולה בין הכנסייה ותושבי האזור היה הדוק בתקופה זו והייתה לכנסייה השפעה רבה על חיי התושבים.

בין השנים 1154 ו-1168 השליטה על הכפר עברה לאציל בשם Eberto, ממוצא נורמני כנראה והוא החיל על העיר את צורת השליטה הפאודלית. בשנת 1179 רוברטו מ- Pietrapertosa הופך לשליטה של העיר.

בזמן שלטונו של פרידריך השני העיר קראקו הופכת למרכז צבאי חשוב ומגדל הטירה הפך לכלא

בשנת 1276 הוקמה בעיר אוניברסיטה. במהלך שנות שלטונו של מוציו ספורצה העיר גדלה מאוכלוסייה בת 450 נפש בשנת 1277 ל-655 בשנת 1477 ועד ל-1,718 בשנת 1532. בשנת 1561 העיר מגיעה ל-2,590 נפש. עד המאה ה-15 קמו בעיר ארבעה ארמונות גדולים: Palazzo Maronna ליד מגדל הכנסייה, Palazzo Grossi ליד הכנסייה הגדולה, Palazzo Carbone בשטחה של משפחת Rigirones ו- Palazzo Simonetti.

במהלך שנת 1656 פגעה בעיר מגפה שקטלה מאות מתושבי העיר ודיללה מאוד את אוכלוסייתה.

בשנת 1799 תושבי העיר עם ההכרזה על הרפובליקה הפרתאונופית (אנ') תושבי העיר מפילים את המערכת הפיאודלית של בורבון. אינוסנזו די סיזאר חוזר לנאפולי אחרי שלמד כיצד לנהל עיר והוא מייסד בCraco עירייה עצמאית. מאוחר יותר העיר נופלת תחת שלטונו של נפוליאון וכנופיות שודדים בתמיכתה של ממשלת הגלות של בורבון תוקפות את העיר ב-18 ביולי 1807, בוזזות והורגות את התושבים הפרו-צרפתים בעיר.

בשנת 1815 העיר כבר גדולה ומתחלקת לשני מחוזות: Torrevecchia באזור הגבוה של העיר, סמוך לטירה ולמגדל, Quarter della Chiesa Madre סמוך לכנסייה. לאחר איחוד איטליה, בשנת 1861 העיר נכבשת על ידי כנופיית שודדים בראשותו של קרמיין.

עם סיומה של מלחמת האזרחים הקושי העיקרי של העיר היה ההתמודדות עם הסביבה הגאולוגית שלה. בין השנים 1892 ו-1922 מהגרים מעל 1,300 תושבי העיר לצפון אמריקה, בעיקר בשל תפוקה חקלאית דלה שלא אפשרה להם להתקיים ברווחה. בשנת 1963 העיר פונתה בשל סחף ב- Craco Peschiera ובשנת 1972 התרחש מבול שהחמיר עוד יותר את מצבה של העיר ומנע את אכלוס המרכז ההיסטורי שלה.

לאחר רעידת האדמה בשנת 1980 האתר העתיק של העיר קראקו ננטש לחלוטין.