עדויות ליישוב מאורגן במקום קיימות החל מהמאה ה-1 לפנה"ס עת נשלט האזור על ידי הרפובליקה הרומית. במחצית השנייה של המאה ה-6 פשטו על העיר האווארים וכבשו אותה. במהלך המאה ה-8 עבר היישוב לחזקת האימפריה הפרנקית ובהמשך לחזקת האימפריה הרומית הקדושה.

ב-1283 נכבש המקום על ידי הרפובליקה של ונציה ובעיירה חלה תנופת פיתוח כלכלי. ב-1558 פרצה במקום מגפת דבר אשר גרמה למותם של שני שלישים מתושבי פיראן. ב-1797 לאחר קריסת הרפובליקה הוונציאנית עברה העיר לחזקת ממלכת הבסבורג, אך ב-1806 נכבשה על ידי צבאותיו של נפוליאון בונפרטה והפכה חלק מהקיסרות הראשונה של צרפת. ב-1814 שבה לידיים אוסטריות.

העיר נשלטה על ידי האימפריה האוסטרו-הונגרית עד למלחמת העולם הראשונה. לאחר המלחמה נכללה בשטחי ממלכת איטליה. לאחר מלחמת העולם השנייה נכללה פיראן בשטחי האזור החופשי של טריאסטה(אנ') תחת פיקוח האו"ם וב-1954 סופחה לרפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה. לאחר הסיפוח היגרו תושבים רבים ממוצא איטלקי לשטחי איטליה. ב-1975 נחתמה אמנת אוזימו אשר שמה קץ למחלוקת בין יוגוסלביה לאיטליה. במקום הוקם מבדוק, וכן קמה תעשיית מזון מן הים.

ב-1991 לאחר פירוק יוגוסלביה נכללה פיראן בשטחי סלובניה.