ההיסטוריה של כרנכ שלובה בדברי ימיה של תבאי. לעיר לא נודעה חשיבות לפני השושלת ה-11, אשר שלטה במצרים מאמצע המאה ה-22 לפנה"ס עד תחילת המאה ה-20 לפנה"ס. פרעוני שושלת זו הפכו את תבאי לבירת מצרים, אך תקופת הזוהר של העיר באה לה בתקופת הממלכה החדשה, בימי השושלת ה-18, אשר מלכה במצרים בין השנים 1550–1292 לפנה"ס. המלך תחותמס הראשון הרחיב את המקדש. בתקופת מלוכתם של חתשפסות, תחותמס השלישי ואמנחותפ השלישי זרם לעיר שלל רב ממלחמותיהם של הפרעונים, והם בנו מקדשי ענק וארמונות. בתקופה זו התבצעה בנייה רחבת היקף באזור מתחם האל אמון-רע, ואולם העמודים הגדול החל, ככל הנראה, להיבנות בימי שושלת זאת. עם זאת עיקר הבנייה נעשה בימי השושלת ה-19 (1292–1190 לפנה"ס), בימי מלכותם של סתי הראשון ורעמסס השני. כמעט כל מלך הוסיף דבר מה למקדש. מרנפתח, בנו של רעמסס השני, הנציח את ניצחונו על גויי הים על הקיר בחצר, אשר בה החלה דרך התהלוכה למקדש לוקסור. נָכּתַנבּוֹ הראשון, אשר מלך בתקופת השושלת ה-30 במאה ה-4 לפנה"ס, הוסיף במתחם של אמון-רע את העמוד הראשון ואת הקיר המסיבי הסוגר על האזור.

בשנת 356 קונסטנטינוס, מלכה של הקיסרות הרומית המערבית אשר המיר את דתו לנצרות, ציווה לסגור את כל המקדשים הפגניים ברחבי האימפריה. בתקופה זו העיר הייתה כמעט נטושה. מספר כנסיות נבנו בין ההריסות, וניתן לראות עד היום שאריות ציורים של מלאכים וציורים קופטיים על הקירות.