האי היה תחת השפעה ושליטה של אימפריית קרתגו עד ל-237 לפני הספירה, עת נכבש על ידי הרפובליקה הרומית. הוא נשאר בשליטה רומית עד לכיבושו בידי הוונדלים בשנת 430. האי נכבש בידי הביזנטים בשנת 522. עם קריסתה של האימפריה הביזנטית, האי נשלט בידי מספר מדינות, בכללם גם לומבארדים וערבים.

האי היה בשליטתה של פיזה כמעט לאורך כל ימי הביניים, אך לבסוף נכבש בידי הרפובליקה של ג'נובה ב-1282, במהלך קרב מלוריה. האי היה באופן עקבי ורצוף חלק מרפובליקת ג'נובה למשך קרוב ל-500 שנים. האי נשלט על ידי ממלכת אראגון בשנים 1296–1434 ועל ידי צרפת בשנים 1553–1559. קורסיקה נשארה בידי ג'נובה עד למכירתה לצרפת בשנת 1768. האי נכבש לשנה אחת בידי בריטניה, בשנת 1814.

דמות חשובה בהיסטוריה של קורסיקה הוא פסקל פאולי (1725–1807) (אנ'), הגנרל והפטריוט הקורסיקאי שנאבק לעצמאותה של קורסיקה מצרפת. פאולי הקים את האוניברסיטה הראשונה בקורסיקה, והקים את הרפובליקה הקורסיקנית ב-1755 עם החוקה הקורסיקאית, שהושפעה מרעיונות עידן הנאורות. הוא הובס בידי הצבא הצרפתי, ומת בגלות בלונדון ב-1807. מורשתו נלקחה בידי הקורסיקאים האיטלקים, שגם שואפים לעצמאות קורסיקה מצרפת.

במהלך מלחמת העולם השנייה, בזמן שהגרמנים כבשו את צפונה של צרפת, קורסיקה הייתה חלק מצרפת של וישי בשנים 1940–1942 ונכבשה בידי ממלכת איטליה וכוחות גרמניים בנובמבר 1942, עד ששוחררה על ידי כוחות צרפת החופשית 10 חודשים מאוחר יותר, בספטמבר 1943.

קורסיקה היא גם מקום הולדתו של נפולאון בונפרטה, שנולד בעיר אז'אקסיו, למשפחת בורגנים עשירה.