על פי טקסטים קדומים, באתר זה נבנו בתקופות קדומות מקדשים לאלה חתחור. הטקסטים מציינים את האתר כמקודש לאלה כבר בתקופה הקדם-שושלתית. מקדשים לאלה נבנו באתר בתקופת הממלכה הקדומה, כרטוש של פפי הראשון המלך השלישי בשושלת השישית (מאות 23-24 לפנה"ס) מופיע על קיר המקדש. המקדש נבנה גם בתקופת הממלכה החדשה על ידי המלכים תחותמס השלישי, אמנחותפ השלישי, רעמסס השני ורעמסס השלישי. הבחירה בתקופה התלמיית באתר לבניית המקדש הייתה המשך ישיר של מקדשים קדומים שקידשו את האתר לאלה חתחור.

בניית המקדשים על ידי המלכים התלמיים הייתה חלק מהפעילות הדתית שלהם, הם חיו באלכסנדריה עיר הלניסטית מובהקת, הציגו את התרבות הזאת למצרים ובמקביל הקפידו גם לשמר את התרבות המצרית על ידי בניית מקדשים חדשים ושיקום מקדשים עתיקים. המקדשים נבנו תוך שמירת המסורת האדריכלית המצרית המקורית. המלכים התלמיים עיטרו את המקדשים בתבליטים בהם הם מוצגים כפרעה בכתב חרטומים תוך שימוש בכרטושים לציון שמם, כמו שעשו הפרעונים הקדומים. השלטון הרומי שהחליף את השלטון התלמיי המשיך במסורת זאת.[1]

המקדש החל להיבנות בשנת 54 לפנה"ס בתקופת מלכותו של תלמי ה-12. בתו קלאופטרה השביעית המשיכה בבניית המקדש בתקופת שלטונה המשותף עם שני אחיה תלמי ה-13 ותלמי ה-14. בניית המקדש הסתיימה בתקופת מלכותו של טיבריוס 185 שנים לאחר שהחלה בנייתו. על קירות המקדש נמצאים כרטושים של כמעט כל הקיסרים הרומים ששלטו על רומא במשך 200 השנים הבאות מאוקטביוס (משנת 30 לפנה"ס) ועד מרקוס אורליוס שמלך בין השנים 161 - 180. מתחם המקדש הוא אחד ההישגים המונומנטליים האחרונים של התרבות הפרעונית.