המנזר, המוקדש לבתולה הקדושה, הוא כנסיית האם של כל המקדשים הסרביים. עבודות הבנייה הראשוניות הושלמו באביב 1196, כאשר סטפן נמאניה נטש את כסאו והתיישב באתר שבו שוכן המנזר. לאחר שסטפן עבר למנזר כילַנְדָרִיוּ הסרבי בהר אתוס, החל בנו ויורשו, סטפן נמאניץ', בטיפול במנזר. נמאניה מת בכילַנְדָרִיוּ ב-1199. סאבה, בנו השלישי נמאניה, העביר את שרידיו של נמאניה לסטודניצה לאחר התייעצות עם סטפן ווקאן נמאניץ'. תחת השגחתו של סאבה סטודניצה הפך למרכז הפוליטי, תרבותי ורוחני של סרביה הימי-ביניימית. סאבה נחשב למחבר של "הטיפיקון של סטודניצה" שהוא ספר שבו מתוארים חייו של נמאניה, דבר המהווה תיעוד גם של חיי הנזירים באותה תקופה.

סטודניצה זכה לטיפולם הצמוד של חברי שושלת נמאניץ'. המלך סטפן ראדוסלב בנה ב-1235 נרתקס בצמוד לכנסייה. המלך מילוטין בנה כנסייה קטנה אך יפה המוקדשת לקדושים יואכים ואנה (אמה של מריה).

לאחר נפילתן של המדינות הסרביות האחרונות ב-1459, תקפו העות'מאנים את המנזר בתדירות גבוהה. עבודות השיקום המשמעותיות הראשונות נערכו ב-1569, כאשר הפרסקאות בכנסיית הבתולה נצבעו מחדש. בתחילת המאה ה-17 סבל המנזר משרפה ומרעידת אדמה, וחלק מהמסמכים ההיסטוריים והמורשת התרבותית נהרסו לצמיתות.