פירוש השם "אלקמאר" הוא "אותו הים" והעיר קיבלה את שמה כנראה בשל קרבתה אל הים[1]. ראשיתה של העיר בכפר דייגים קטן שהתפתח בו מסחר, ובשנת 1254 הפך כפר הדייגים "אלקמאר" רשמית לעיר.

בשנת 1573 העיר עמדה בהצלחה במצור של כוחות ספרדיים בהנהגת של פרננדו אלווארז דה טולדו. זו הייתה נקודה מפנה במלחמת שמונים השנים שניטשה בין הולנד לספרד, והולידה את ביטוי "הניצחון מתחיל באלקמאר" ("Bij Alkmaar begint de victorie"). האירוע עדיין נחגג מדי שנה באלקמאר ב-8 באוקטובר, ונקרא "יום המצור שהסתיים".

בשנת 1799, חיל משלוח אנגלו-רוסי כבש את העיר, אך הובס לבסוף בקרב קסטריקום (Battle of Castricum). הניצחון הצרפתי הונצח על שער הניצחון בפריז כ-Alkmaer.