שורשיה של העיר לאמו מגיעים למאה ה-12 אך ברי שהאזור היה מיושב גם קודם לכן. במאה ה-13 התקיימו במקום שני יישובים מוקפים בחומה, האחד מדרום לעיר הנוכחית והאחר מצפון לה. במאה ה-15 כבר תוארה לאמו כעיר גדולה שבה יושב קאדי, והיא החלה להתפתח מהרבעים בנויי האבן פנגהארי (Pangahari) ויומבה (Yumbe) בצפון, ולאחר מכן התפשטה דרומה אל מקומאני (Mkomani). תושבי העיר שימשו כסוחרים מתווכים בין האוכלוסייה בפנים היבשת לבין הסוחרים מחצי האי ערב ומהמזרח הרחוק. דרך העיר יוצאו שנהב ועץ בתמורה לתבלינים, בדים, חרסינה ועוד.

ב-1506 פלשו הפורטוגזים לעיר והחלו לשלוט בדרכי המסחר. כתוצאה מכך החלה לאמו לשקוע, ותושבי העיר התמרדו אך המרד דוכא בידי הפורטוגזים. ב-1652 חשה סולטנות עומאן לעזרתה של העיר, והפורטוגזים גורשו ממנה באופן סופי ב-1698. תחת חסות העומאנים שב המסחר בעיר והתפתח שוב, והעיר הייתה למרכז סחר בעבדים אשר עבדו במטעיה. החל ב-1744 נתגלעה יריבות בין לאמו לבין מומבסה והעיר בוצרה ומצודת לאמו נבנתה בתחילת המאה ה-19. בשנת 1840 העביר סולטאן עומאן את בירתו ממוסקט לסטון טאון בזנזיבר ולאמו שהחלה לצבור חשיבות כמרכז דתי מוסלמי, הייתה לחלק מסולטנות זנזיבר.

החל ב-1890 השתלטו הבריטים על חופה של קניה דהיום, ועם חלוקת אפריקה המזרחית הבריטית (British East Africa) לנפות הייתה לאמו לבירתה של נפה שנשאה את שמה. בתקופה זו ידעה העיר תנופת בנייה לאורך חוף הים, אך סלילת מסילת הרכבת ממומבסה לניירובי ב-1901, והפיכתה של האחרונה למרכז השלטוני בקולוניה, הביאו לשקיעה הדרגתית של העיר שהתעצמה עקב ביטול העבדות באופן סופי ואובדן כוח העבודה הזול.

לאחר שקניה זכתה בעצמאותה ב-1963, אישרה הממשלה לארגון אונסק"ו לערוך סקר מקיף בעיר ולאמו הוכרזה כמונומנט לאומי ב-1974. בשנת 2001 הוכרזה לאמו גם כאתר מורשת עולמית.