האזור שבו ממוקמת קיונגג'ו היה מיושב כבר בפרהיסטוריה. בשנת 57 לפנה"ס עבר האזור לשליטתו של בני שבט שילה, אשר הפכו את העיר לבירתם. באותה עת נודעה העיר בשם קיונגג'ו. במשך מאות השנים הראשונות לספירה התחוללו מאבקים רבים באזור, עד שבמאה ה-7 הביסה ממלכת שילה את יריביה באמצעות סיוע משושלת טאנג הסינית. בעקבות כך הפכה שושלת שילה לכח החזק ביותר באזור, ושמרה על מעמד זה עד תחילת המאה ה-10. שליטי ממלכת שילה הקימו בבירתם מבני ציבור רבים, מבצרים, מקדשים וארמונות, והם עצמם נקברו באזורים הסמוכים לעיר.

ממלכת שילה אימצה את זרם המהאיאנה הבודהיסטי, שהתפשט אל קוריאה מסין במהלך המאה ה-7. הר נאמסאן נחשב כאתר מקודש בעיני תושבי האזור עוד לפני התבססות הבודהיזם, ולאחריה הוא הפך לאתר בודהיסטי מקודש שזכה לכבוד ולהשקעה רבים שבאו לידי ביטוי בהקמת מקדשים ומנזרים יוקרתיים. לאחר נפילתה של ממלכת שילה נכנסה קוריאה לתקופה של מאבקים, שהסתיימו רק עם עלייתה לשלטון של שושלת ג'וסאון בשלהי המאה ה-14. השושלת שלטה בקוריאה עד שזו סופחה ליפן ב-1910, אך סבלה מפלישת יפן עוד בשלהי המאה ה-16 ומפלישת המנצ'ורים כעבור כ-200 שנים. לאורך כל תקופת שלטונה של שושלת ג'וסאון שמרה קיונגג'ו על מעמדה כעיר, אך המבנים העיקריים שבה ספגו נזקים רבים.