בשנת 1786, כדי להתמודד עם מצב התברואה הלקוי של בתי הקברות של פריז, התקבלה החלטה להעתיק ממקומן את העצמות מקברי האחים ולהעבירן אל מחילות המחצבה התת-קרקעית הנטושה שבעיר. ההעברה בוצעה תחת פיקוחם של לואי טירו דה קרוסן (Louis Thiroux de Crosne), מפקד משטרת פריז, ושארל אקסל גיומו (Charles Axel Guillaumot), המפקח הכללי של המחצבות. באותו הזמן סבל אזור לה האל, שנמצא בטבורה של העיר, ממחלות שנגרמו בשל קבורה לא-נאותה וקברי המונים בחצרות כנסיות, בראשם "בית הקברות של התמימים" (Cimetière des Innocents). הוחלט להעביר בחשאי את עצמות המתים ולמקמן מחדש במחצבות הנטושות.

ההערכה היא כי עצמותיהם של כשישה מיליון איש, בהם גדולי המהפכה הצרפתית, הועברו למחילות (ossuaires) העיר, ושם הן מצויות עד היום. את העברת העצמות ניהל גיומו, בעוד שמחליפו, לואי-אטיין הריקר דה טורי (Louis-ÉtienneHéricart de Thury), טיפל בשנת 1810 בסידור הקטקומבות ושיווה להן את מראן העכשווי.

שלדים מבית-הקברות של סן-ניקולא-דה-שאן (Saint-Nicolas-des-Champs) היו מהראשונים לעבור. גופות המתים ממהומות פלאס דה גרב, אוטל דה בריין ורחוב מסלה (rue Meslee) הונחו בקטקומבות ב-28 וב-29 באוגוסט 1788.

קירות הקטקומבות מכוסים ציורי-קיר החל מהמאה ה-18 ואילך. ויקטור הוגו השתמש בהיכרותו את מערכת תעלות פריז בכתיבת הרומן "עלובי החיים". בשנת 1871 הרגו חברי הקומונה הפריזאית קבוצת מונרכיסטים באחד מחדרי הקטקומבות. במהלך מלחמת העולם השנייה השתמשו חברי תנועת ההתנגדות הצרפתית במערכת התעלות של הקטקומבות. באותה תקופה הקימו החיילים הגרמנים בונקר תת-קרקעי בקטקומבות שתחת בית-הספר התיכון מונטן, בית-ספר ברובע השישי של פריז (המסלול התיירותי בקטקומבות אינו עובר בבונקר זה, וניתן לראותו רק ב"ביקור לא רשמי"; ראו למטה).

התעלות והחדרים התת-קרקעיים מציבים מזה זמן בעיה בטיחותית לבנייה בפריז. מחצבות מתמוטטות לעיתים, וכתוצאה מכך יוצרות לא פעם חורים בקרקע ופוגעות במבנים שמעליהן. כדי למנוע זאת כונן על ידי הממשלה "הפיקוח הכללי על המחצבות" (Inspection générale des Carrières-IGC), בשנת 1777, כדי לפקח על המחצבות ולאסור חפירת חדשות. ה-IGC חפרו, עם זאת, מנהרות תצפית כדי לספק לעצמם גישה נוחה למחצבות, כדי שיוכלו לתקן ולמפות ביתר יעילות את המחצבות היציבות, ולפקח עליהן.

עבודות הפיקוח והייצוב נמשכות עד היום. בשל מספרן הרב של המחצבות, תעלות הרכבת התחתית, תעלות הרכבת ותעלות הביוב שנחפרו מתחת לפריז, כמו גם סוג האבן הרכה שבה חצבו, ננקטת זהירות מיוחדת כשמתבצעת בנייה חדשה או כאשר חופרים מנהרות חדשות (ובכל זאת נוצרו בעיות שונות בעת חפירת מנהרת המטרו מספר 14).