הסינים, המלאים והפורטוגזים טוענים להיותם החוקרים הלא־אבוריג'ינים שהיו הראשונים להגיע לחוף הצפוני של אוסטרליה. אולם, התיעוד ההיסטורי הקדום ביותר הוא דווקא מההולנדים. יאן קארסטן חצה את מפרץ קרפנטאריה ב־1623, והגיע לאזור גרוט איילנדט. אבל טסמן הוא החוקר הבא שהותיר אחריו תיאורים של האזור, לאחר שביקר בו ב־1644. טסמן היה הראשון שתיעד מגע בין האירופאים לבין האבוריג'ינים. מת'יו פלינדרס ערך סקר של מפרץ קרפנטאריה ב־1802 ו־1803.

פיליפ פארקר קינג, נווט אנגלי, שהה באזור מפרץ קרפנטאריה בין 1818 ל־1822. בתקופה זו הוא העניק לשלושה נהרות את השם נהרות האליגטור בגלל מספר התנינאים הגבוה שגדלו באזור, לאחר שבילבל בינם לבין אליגטורים.

לודוויג לייכהרדט היה החוקר האירופי הראשון שביקר באזור קקדו עצמו, וב־1845 הוא ערך מסע בין חוף מורטון בקווינסלנד לפורט אסינגטון בטריטוריה הצפונית. לייכהרדט הלך בעקבות ג'ים ג'ים קריק במורד המדרון של מישור ארנהם, ומשם המשיך לאזור אליגטור דרום לפני שחצה את אליגטור המזרחי ונסע צפונה. הסבר נוסף לשמו של הפארק הוא שלייכהרדט השתמש בצורה המדוברת של השם הגרמני לקקדואיים, אם כי דעה זו לא זוכה לתמיכה רחבה בקרב ההיסטוריונים הילידים.

ג'ון מקדואל סטיוארט נסע לאורך הגבול הדרום־מערבי של הפארק ב־1862, אך לא הצליח להבחין בתושבי המקום.

הזרים הראשונים שקיימו מגע עם האבוריג'ינים בצפון אוסטרליה היו המאקאסארים מהארכיפלג האינדונזי. המאקאסארים שטו לצפון אוסטרליה בכל עונת גשמים בסירות שנקראו פראוס, ככל הנראה החל משלהי המאה ה־17. מטרתם העיקרית הייתה ככל הנראה להשיג מלפפון ים, שריונות צבים, פנינים וחפצים יקרים נוספים שלא היו מצויים בשפע בביתם. האבוריג'ינים היו מעורבים בקצירת ועיבוד מלפפוני הים, ובאיסוף וסחר של החפצים האחרים. אין עדויות לכך שהמאקאסארים שהו בחוף של קקדו, אך ישנן עדויות לכך שהם קיימו קשרי תרבות עם האבוריג'ינים שבאזור. בין החפצים שנמצאו בחפירות הארכאולוגיות שנערכו בפארק ניתן למנות את שברי הזכוכית והמתכת שככל הנראה הגיעו מהמאקאסארים באופן ישיר, או באמצעות מסחר עקיף עם תושבי חצי האי קובורג.

הבריטים ניסו להקים מספר התיישבויות על החוף הצפוני של אוסטרליה בתחילת המאה ה־19: פורט דאנדאס באי מלוויל ב־1824, פורט וולינגטון בחוף ראפלס ב־1829, והתיישבות ויקטוריה (פורט אסינגטון) בחצי האי קובורג ב־1838. הבריטים היו נחושים להשתלט על החוף הצפוני של אוסטרליה לפני הצרפתים או ההולנדים, שהקימו קולוניות באיים הצפוניים לחוף. כל ההתיישבויות הבריטיות ננטשו בתקופה מאוחרת יותר כתוצאה ממגוון סיבות, כגון מחסור במים או במזון טרי, מחלות ובידוד. קשה להעריך את השפעתן של ההתיישבויות הללו על האבוריג'ינים המקומיים, כמו גם את מערכת היחסים שהתפתחה בינם לבין הבריטים. החשיפה למחלות חדשות הייתה סכנה חמורה עבור האבוריג'ינים. בדומה למה שהתרחש בחלקים אחרים של אוסטרליה, האוכלוסייה האבוריג'ינית המקומית ספגה נזקים כבדים כתוצאה מהמחלות והבעיות שהן גרמו.

התפראות של תאואים מים השפיעו רבות על אזור קקדו. בשנות ה־80 של המאה ה־19 מספר התאואים ששוחררו מהיישובים המוקדמים גדל עד כדי כך שהסחר בעור ובקרניים שלהם היה מעשי מבחינה כלכלית. התעשייה החלה להתפתח באזור נהר אדלייד, בקרבת דרווין, ומשם עברה לאזורי נהר מארי ונהרות האליגטור.

רוב הציד של התאואים ושימור העור שלהם נעשה בתקופה היבשה של השנה, בין יוני לספטמבר, כאשר התאואים התאספו מסביב לבילבונגים שנותרו. במהלך העונה הלחה הציד נפסק כיוון שהאדמה הייתה יותר מדי בוצית מכדי לאפשר את המרדף אחרי התאואים, והעורות שנלקחו היו נרקבים. תעשיית ציד התאואים הייתה לגורם העסקה חשוב עבור האבוריג'ינים בחודשי העונה היבשה.

גם המיסיונרים השפיעו רבות על האבוריג'ינים שבאזור נהר האליגטור, שרבים מתוכם חיו ולמדו במיסיונים בצעירותם. באזור הוקמו שני מיסיונים בתחילת המאה ה־20. מיסיון קאפאלגה הוקם ליד נהר אליגטור הדרומי ב־1899, אך פעל רק במשך ארבע שנים. מיסיון אואנפלי החל לפעול ב־1925 במחלבה, לאחר שאגודת כנסיית המיסיון האנגלי קיבלה את הצעתה של מנהלת הטריטוריה הצפונית לטפל באזור. מיסיון זה היה פעיל במשך חמישים שנים.

עוצמת ההשפעה של המיסיונים על האבוריג'ינים היא נושא השנוי במחלוקת. מספר חוקרים ואנתרופולוגים טוענים שהמיסיונרים, מתוך מטרה "לתרבת ולמסד" את האבוריג'ינים, הכריחו אותם לנטוש את סגנון חייהם, שפתם, דתם והטקסים שלהם, ולמעשה כמעט את כל מסגרת החיים שלהם. לעומת זאת, יש הטוענים כי למרות הביקורת על השיטות שהופעלו כדי להשיג את המטרה הזאת, המיסיונרים כן דאגו לרווחתם של האבוריג'ינים בזמן שהחברה האוסטרלית לא דאגה להם.

תעשיית רעיית הצאן החלה להתפתח בהדרגה באזור טופ אנד. אזורי המרעה בקקדו ננטשו בהדרגה החל מ־1889, כיוון שהתברר כי אזורי המרעה בנהר ויקטוריה ורמות ברקלי טובים יותר. רוב החלק הדרומי של קקדו, הכולל את רוב גודפאלה וגימבאט, הושכר באמצע שנות ה־70 של המאה ה־19 לשלושה אנשים. החוזים הועברו הלאה, וכולם לא הצליחו לעמוד בהם מסיבות שונות. בשנת 1987 השטחים נרכשו על ידי המדינה וסופחו לשטח הפארק.

יזמים סינים הפעילו מנסרה באזור מחנה נורלנגי, ככל הנראה לפני מלחמת העולם הראשונה, על מנת לעבד את עצי האורן שבאזור. לאחר מלחמת העולם השנייה התפתחו מספר יוזמות כגון ירי ולכידת כלבי דינגו, ירי בבראמבי (סוסי פרא המשוטטים באופן חופשי באוסטרליה), ירי בתנינאים, תיירות ויערנות.

במחנה נורלנגי הוקמה מנסרה נוספת בשנות ה־50, והיא פעלה עד להתכלותם של משאבי האורן. המחנה הפך למחנה ספארי עבור התיירים ב־1958. זמן קצר לאחר מכן הוקם מחנה דומה בפטרונגה ובפארק מירלה. התיירים הוטסו לאזור לצורך ציד תנינאים ודיג ספורטיבי.

ציידי התנינאים נעזרו פעמים רבות באבוריג'ינים. באמצעות חיקוי הקול המופק כתוצאה מחבטת זנבו של הקנגורו בקרקע, הציידים האבוריג'יניים יכלו לפתות את התנינאים כך שיהיה יותר קל לצוד אותם. באמצעות שימוש ברפסודות מללויקה, הציידים היו מאתרים את התנועה של התנינאים הפצועים ולוקחים את הגוויות לצורך פשיטת העור שלהן, שנמכר לצורך הכנת מוצרים שונים. מעורבותם של האבוריג'ינים בציד המסחרי פחתה לאחר שפותחו שיטות לירי לילי. תניני ג'ונסטון (מין בסוג תנין הגדלים במים מתוקים) נהנים מהגנה חוקתית מאז 1964, ותניני הים מאז 1971.

גילוי המינרלים הראשונים בטופ אנד היה קשור לבניית קו הטלגרף היבשתי בין 1870 ל־1872, בין פיין קריק לנהר אדלייד. בעקבות זאת התרחשו מספר סבבי כרייה.

בעקבות בנייתה של מסילת הרכבת האוסטרלית הצפונית היה אפשרי לבנות יותר אתרי כרייה, ומקומות כגון בורונדי ופיין קריק הפכו ליישובי קבע. המכרות והיישובים החדשים משכו אבוריג'ינים רבים מקקדו. לא ידוע על אבוריג'יני כלשהו שעבד במכרות, אך הם הושפעו במידה רבה מחשיפתם לאלכוהול ותרופות אחרות.

בשנות ה־20 החלה להתפתח תעשיית כריית זהב קטנה באזור אימארלקבה וגבעת מאנדוגי, ובשנות ה־30 היא התפתחה באזור מולין (שבעבר נקרא מכרה יוריקה וצפון הרקולס). במכרות הועסקו מעט אבוריג'ינים מקומיים. בשנת 1953 התגלו מרבצי אורניום לאורך העמק שבו שוכן מוצא נהר אליגטור הדרומי. בעשור שלאחר מכן הוקמו 13 מכרות קטנים אך עשירים, ובשיא פריחתם ב־1957 הועסקו בהם כ־150 עובדים. האבוריג'ינים מעולם לא הועסקו במכרות הללו.