באזור צ'כיה התקיימה התיישבות אנושית למן התקופה הפלאוליתית. במאה השלישית לפני הספירה התיישבו באזור שבטים קלטיים. בכתב העת Antiquity, פורסם ב-2023, כי נמצאו שרידים מסדנת הזכוכית הקדומה ביותר מלפני 2000 שנים באתר נמצ'יצה הנחשב אחד מאתרי ההתיישבות החשובים ביותר במאה ה-3-2 לפנה"ס, בתקופת לה טאן, בו היו מרכז ייצור, מסחר, מושב לאליטות ומרכז פולחני.[1]

בין המאה ה-1 למאה ה-5 לספירה היגרו אליו שבטים גרמאניים. במהלך נדידת העמים הגדולה, בין המאה ה-5 למאה ה-7 לספירה, היגרו לאזור שבטים גרמאנים נוספים ולאחריהם עמים סלאבים. התיעוד המוקדם ביותר לממלכה סלאבית עצמאית, שכללה גם את שטחי צ'כיה, הוא מהמאה ה-7.

במאה ה-9 נכלל שטחה של צ'כיה בדוכסות מוראביה. שושלת פשמישל (אנ'), שראשיתה בנסיכות זעירה בסביבות פראג, השתלטה במהלך המאה התשיעית על בוהמיה, ולאחר קריסת דוכסות מוראביה נעשתה לכוח השליט בצ'כיה כולה. בוהמיה, שהפכה לממלכה במאה ה-12, נכללה בתחומי האימפריה הרומית הקדושה, אך נהנתה בימי הביניים ממעמד עצמאי למעשה. למן המאה ה-16, איבדה צ'כיה את מעמדה העצמאי בתוך האימפריה הרומית הקדושה, אשר הייתה מאוחר יותר לאימפריה האוסטרו-הונגרית.

לאחר נפילת האימפריה במלחמת העולם הראשונה, נוצרה צ'כוסלובקיה כאיחוד בין השטחים הצ'כיים לשטחים הסלובקיים. צ'כיה, שבה שוכנת בירת המדינה המאוחדת פראג, הייתה הרכיב הדומיננטי בפדרציה מבחינה כלכלית ופוליטית. המיעוט הגרמני הגדול במדינה, שישב בעיקר בחבל הסודטים שבצפונה של צ'כיה, קיים יחסים מתוחים עם השלטון הצ'כוסלובקי. גרמניה הנאצית השתמשה במיעוט זה כתירוץ לפלישתה לחבל הסודטים בשנת 1938 וליתר חלקי צ'כוסלובקיה במרץ 1939. לאחר הפלישה הנאצית הפכה צ'כיה לפרוטקטורט של בוהמיה ומוראביה וניתנה תחת שליטה נאצית ישירה ודיכוי אכזרי, ואילו סלובקיה הייתה למדינת חסות נאצית. במלחמת העולם השנייה שחרר הצבא האדום את שטחי צ'כוסלובקיה מיד הנאצים, ולאחר תקופת מעבר קצרה כוֹננו בה הסובייטים שלטון קומוניסטי שהיה נאמן לברית המועצות. המשטר הקומוניסטי במדינה, אף שהיה חד-מפלגתי ומדכא, היה פחות נוקשה מאשר ברוב מדינות מזרח אירופה. בשנת 1968 הנהיג שליט צ'כוסלובקיה, אלכסנדר דובצ'ק, ליברליזציה חלקית במדינה, צמצם את הפגיעה בחופש העיתונות ובזכויות האזרח, שחרר חברי המפלגה שנאסרו או הוגלו במהלך השנים ואף החל במהלכי התקרבות למערב. צעדים אלה, שקיבלו את הכינוי "האביב של פראג", עוררו דאגה רבה במוסקבה. ב-20 באוגוסט 1968 נערכה הפלישה הסובייטית לצ'כוסלובקיה ששמה קץ לליברליזציה והשליטה מחדש משטר קומוניסטי נאמן למוסקבה, תחת הנהגתו של גוסטב הוסאק.

בקיץ 1989, בעקבות נפילת המשטר הקומוניסטי בברית המועצות, הופל המשטר הקומוניסטי בצ'כוסלובקיה ב"מהפכת הקטיפה" והמדינה שבה לדמוקרטיה. לאחר זמן קצר הפסיקה צ'כוסלובקיה להתקיים כמדינה אחת ובינואר 1993 נפרדה לשתי מדינות עצמאיות: הרפובליקה הצ'כית וסלובקיה. הרפובליקה הצ'כית שמרה לעצמה את ההמנון והדגל של צ'כוסלובקיה.

צ'כיה הצטרפה לארגון נאט"ו בשנת 1999 והפכה לחלק מהאיחוד האירופי בשנת 2004.[2]