בעת העתיקה שטח מונטנגרו היה בשליטת האימפריה הרומית ולאחר מכן בשליטת האימפריה הביזנטית. במאה העשירית התגבש במקום שלטון עצמי של העמים השונים שיישבו את האזור - סלאבים, אילירים, רומאים וטורקים אבארים תחת השם דוקליה (Duklja בסרבית מודרנית, Doclea בלטינית).

החל מהמאה ה-13 האזור קיבל את השם נסיכות זטה. השליטים הצליחו לשמור על עצמאות האזור מפני פלישות של צבא האימפריה העות'מאנית וכן מפני השתלטות של סרביה השכנה. במאה ה-15 הכנסייה האורתודוקסית המקומית הפכה לגורם משמעותי בשלטון ועד אמצע המאה ה-19 במונטנגרו היה שלטון בעל אופי תאוקרטי. בשנת 1851 השליט הדתי דנילו השני עזב את תפקידו ככומר, התחתן והכריז על עצמו כנסיך ובכך הסתיימה התקופה התאוקרטית של מונטנגרו.

בשנת 1876 עמד ניקולה הראשון נסיך מונטנגרו בראש הכוחות שמרדו בשלטון האימפריה העות'מאנית. בשנת 1878 בעקבות קונגרס ברלין אושרה העצמאות של מונטנגרו ובעשורים הראשונים לעצמאותה נהנתה מונטנגרו משגשוג ויציבות. מערכת החינוך והעיתונות התרחבו במידה רבה והצבא נהנה מתמיכה וסיוע של רוסיה הצארית. למרות היותה של מונטנגרו מדינה קטנה של כרבע מיליון אנשים, היא זכתה לכבוד גדול באירופה, הודות לצבאה החזק שהצליח לגבור על הצבא העות'מאני.[1]

במרץ-אפריל 1909, בתמורה להכרה בסיפוח בוסניה והרצגובינה לאימפריה האוסטרו-הונגרית, קיבלה מונטנגרו את הזכות לבנות אוניות מלחמה ושליטה מלאה בערי החוף בר ואולצין.[2]

ב-1912, כחלק מהליגה הבלקנית, מונטנגרו יצאה למלחמה נגד האימפריה העות'מאנית וכבשה שטחים נרחבים באזור מקדוניה ואת שקודרה באלבניה, אך בלחץ המעצמות נאלצה לסגת משקודרה. במלחמת העולם הראשונה שהחלה ב-1914 נכבשה בידי אוסטרו-הונגריה ולאחר המלחמה הצטרפה לסרביה ולימים הפכה לחלק מיוגוסלביה.

עם כיבושה של ממלכת יוגוסלביה בזמן מלחמת העולם השנייה, נפלה מונטנגרו לידי שליטה של איטליה הפאשיסטית. בתמיכת איטליה, ב-12 ביולי 1941 הוכרזה מדינה עצמאית על ידי סקולה דרלייביץ'. באזור התחוללה מלחמת אזרחים ורוב אוכלוסיית מונטנגרו תמכה בפרטיזנים שהתנגדו לכיבוש האיטלקי.

במונטנגרו מתקיימת זהות ייחודית אך לה גם שפה, דת והיסטוריה משותפות עם סרביה. האיחוד בין הרפובליקות שהרכיבו את יוגוסלביה התקיים לאורך מרבית ההיסטוריה של המאה ה-20 ואולם הוא סבל לעיתים מבעיות על רקע אתני ככל שהמיעוטים השונים דרשו יצוג וכוח. בשנת 1992 פרשו ארבע מתוך שש הרפובליקות שהרכיבו את יוגוסלביה, ורק סרביה ומונטנגרו המשיכו לקיים מבנה של רפובליקה פדרלית. במשאל עם שנערך באותה שנה הצביעו רוב המונטנגרים בעד המשך קיומה של יוגוסלביה כפדרציה. ב-2003 יוגוסלביה פורקה רשמית והוקם איחוד רופף בשם סרביה ומונטנגרו לתקופת המעבר עד ששתי הרפובליקות האחרונות של יוגוסלביה יחליטו האם להישאר במבנה של האיחוד או להיפרד.

ב-21 במאי 2006 נערך משאל עם שני בנוגע להחלטה האם להתנתק מסרביה ולהכריז על עצמאות. שיעור ההשתתפות במשאל העם היה גבוה: 86 אחוז. רוב המיעוטים וחלק נכבד מהבוחרים ממוצא סרבי תמכו בהשגת עצמאות. במשאל העם הושג רוב של כ-55.4% בעד ההפרדות, ובכך נסללה הדרך להתפרקות הסופית של שש הרפובליקות שהיוו בעבר את יוגוסלביה.

ב־3 ביוני 2006 הכריזה מונטנגרו על עצמאותה ועל היפרדותה מסרביה, שקיבלה את תוצאות משאל העם באכזבה אך לא התנגדה למהלך. ב-28 ביוני 2006 התקבלה כחברה ה-192 של ארגון האומות המאוחדות. אז גם הוקם צבא מונטנגרו.