מאלגה נוסדה על ידי הפיניקים כנקודת מסחר תחת השם מלחת בסביבות המאה ה-12 לפנה"ס. ייתכן כי מקור השם בהמלחת דגים בנמל. עם עליית קרנה של קרתחדשת והפיכתה למעצמה ימית, הפכה העיר לבת חסותה. בשנת 205 לפנה"ס נכבשה העיר על ידי הרפובליקה הרומית. הרומים העניקו לעיר מעמד של "בעלת ברית" והיא שמרה על שלטון עצמי ועל צביונה התרבותי הפיניקי. במהלך מאות השנים תחת שלטון רומא ספגה העיר את תרבותה של הראשונה ובימי אוגוסטוס קיבלו תושביה מעמד של בעלי זכויות לאטיניות. העיר הפכה למוניקיפיום, ושמה שונה לפלאוויום מלקה.

במהלך המאה ה-5 לספירה נכבשה העיר על ידי הויזיגותים. בשנת 711 נכבשה העיר על ידי המוסלמים. העיר פרחה תחת שלטון המוסלמים והפכה למרכז סחר חשוב. העיר נכבשה מחדש בשלביה האחרונים של הרקונקיסטה, בשנת 1481, על ידי הכוחות הנוצריים בהנהגתם של איזבלה הראשונה מלכת קסטיליה ופרננדו השני מלך אראגון.

במהלך מלחמת האזרחים הספרדית נכבשה העיר על ידי הכוחות ה"לאומנים" ב-8 בפברואר 1937, תוך הפצצות אוויריות כבדות.

העיר מהווה אתר תיירות חשוב בספרד, מרכז חקלאי ותעשייתי גדול, ועיר נמל עיקרית לייצוא תוצרת חקלאית.