האזכור הכתוב הראשון של העיר קלן (Cölln; להבדיל מקלן - Köln, שעל גדות הריין) מתוארך ל-1237, וזה של ברלין ל-1244. שני המסמכים מוצגים במוזיאון הדום (אשר מצוי בתוך קתדרלת ברלין) של ברנדנבורג אן דר האבל. כבר בהתחלה, שתי הערים היוו יחידה כלכלית וחברתית. ב-1307 התאחדו שתי הערים באופן פוליטי. עם הזמן, שתי הערים התאומות נודעו בפשטות כברלין, הגדולה מביניהן.

השם "ברלין" נובע ככל הנראה מהשורש הסלבי brl (ביצה), אף כי הועלתה סברה שהשם נגזר מהמילה דוב (Bär).[דרוש מקור]

ב-1411 מינה המלך זיגיסמונט את פרידריך השישי הוהנצולרן, למושל רוזנות הספר (מרקה) ברנדנבורג. ב-1415 הוכתר על ידי המלך כפרידריך הראשון, רוזן הספר (מארקגראף) של ברנדנבורג, ונסיך בוחר שלה (קורפירסט, אלקטור, חבר מטעם ברנדנבורג בקולגיום הבוחר את המלך הגרמני). פרידריך הראשון הניח את היסוד לגדולת משפחת הוהנצולרן. מאז שלטו צאצאיו על ברלין וברנדנבורג, גם הפכו מלכי פרוסיה וקיסרי גרמניה, עד נפילתם ב-1918.

תושבי ברלין לא תמיד בירכו על שינויים אלו. ב-1448 הם התמרדו נגד בניית הארמון המלכותי החדש על ידי האלקטור פרידריך השני. התנגדות זו לא הצליחה, וציבור האזרחים איבד רבות מן הפריבילגיות הפוליטיות והכלכליות שלו. מלבד זאת האלקטור הפריד את ברלין וקלן מחדש לשתי ערים (מדיניות של הפרד ומשול). קיימת סברה שהאלקטור עצמו שיסה מתחילה את האזרחים באצילים, ולאחר מכן דיכא בכוח את המרד שנגרם מתככיו.[1]

ב-1451 (ובאופן רשמי ב-1486) הפכה לבית המגורים המלכותי של אלקטורי ברנדנבורג וברלין ויתרה על מעמדה כעיר הנזה חופשית. ב-1539 המיר האלקטור יואכים השני את דתו ללותרניות.

במלחמת שלושים השנים בין 1618 ל-1648 ברלין נכבשה ונבזזה מספר פעמים בידי כוחות האימפריה הרומית הקדושה ובידי הצבא השוודי של גוסטבוס אדולפוס, וניזוקה קשות. עם סיום המלחמה עמדו בברלין רק 845 בתי מגורים שלמים - שליש מן הבתים ניזוקו, והעיר איבדה מחצית מאוכלוסייתה. תושבי ברלין נחשפו תחת הכיבוש הזר לעינויים קשים כצלייה, בישול ברותחין והטלת לקות גופנית כדבר שבשגרה כדי לאלצם לגלות את מקומות מסתור הממון והמזון. בין השנים 1631 ל-1632 שרר רעב חמור בקרב האוכלוסייה האזרחית בברלין.

 פרידריך וילהלם, 1652

ב-1640 ירש פרידריך וילהלם הידוע כ"אלקטור הגדול" את אביו כמושל. הוא יזם מדיניות של קידום הגירה וסובלנות דתית. במשך העשורים שלאחר מכן ברלין התרחבה מאוד בשטח ובאוכלוסייה עם הקמת פרברים חדשים. ב-1671 חמישים משפחות יהודיות מאוסטריה קיבלו בתים בברלין. בעקבות ה"אדיקט של פונטנבלו" של לואי הארבעה עשר, שהוציא ב-1685 את הנצרות הפרוטסטנטית בצרפת אל מחוץ לחוק ודחק את רגלי ההוגנוטים, הוציא פרידריך וילהלם את צו פוטסדאם, שהזמין את ההוגנוטים הצרפתים לברנדנבורג. יותר מ-20,000 פליטים נענו לקריאתו ורבים מהם התיישבו בברלין. עם מותו של "האלקטור הגדול" בשנת 1687 היוו ההוגנוטים כ-20 אחוזים מתושבי ברלין, והשפעתם התרבותית הייתה רבה. מהגרים רבים נוספים באו מבוהמיה, מפולין ומזלצבורג. בכך נתקבע סגנונה של העיר כעיר של מהגרים, סגנון שהשתמר עד המאה ה-21.

עם הכתרת פרידריך הראשון ב-1701 כמלך פרוסיה הפכה ברלין לבירתה של פרוסיה. ב-1 בינואר 1710 הערים ברלין, קלן, דורותיאנשטאדט (Dorotheenstadt), פרידריכסוורדר (Friedrichswerder) ופרידריכשטאדט (Friedrichstadt) התאחדו כ"הבירה והמגורים המלכותיים של ברלין". קצב גידול האוכלוסייה הואץ וב-1713 נספרו בעיר 55,000 תושבים. המהפכה התעשייתית שינתה את ברלין במהלך המאה ה-19 - האוכלוסייה והכלכלה של העיר התרחבו במהירות והעיר הפכה למרכז הרכבות הראשי והמרכז הכלכלי של גרמניה. פרברים נוספים התפתחו תוך זמן קצר והגדילו את השטח של ברלין ואת אוכלוסייתה. ב-1861 פרברים מרוחקים כגון ודינג (Wedding) ומואביט (Moabit) כמו גם מספר פרברים אחרים אוחדו לברלין. ב-1871 ברלין הפכה לבירת האימפריה הגרמנית החדשה שהוקמה.

המאה ה-20

לאחר סוף מלחמת העולם הראשונה ב-1918 הוקמה בגרמניה רפובליקת ויימאר, וברלין הוכרה כבירת הרפובליקה החדשה. ב-1920 איחד "חוק ברלין הגדולה" ערים פרבריות, כפרים ואחוזות סביב ברלין לעיר גדולה ומורחבת. לאחר התרחבות זו נאמדה ב-1939 אוכלוסיית ברלין ביותר מ-4 מיליון נפש.

 דגם "ברלין החדשה" בתכנונו של אלברט שפר לפי חזונו של היטלר

לאחר שהנאצים נבחרו ב-1933, הפכה ברלין לבירת הרייך השלישי. הנאצים השתמשו באולימפיאדה שנערכה ב-1936 בברלין לצורכי תעמולה. בנוסף לכך היו תוכניות לבנייה מחדש של ברלין כ"גרמאניה, בירת העולם" (Welthauptstadt Germania). תוכניות אלו נגנזו עקב מלחמת העולם השנייה.

השלטון הנאצי הרס את הקהילה היהודית של ברלין, שנאמדה ב-160 אלף בטרם עליית הנאצים לשלטון. לאחר הפוגרום של ליל הבדולח ב-1938, אלפים מיהודי העיר נכלאו במחנה הריכוז זקסנהאוזן בפרבר אורניינבורג. מתחילת 1943 ועד מרץ 1945 נשלחו יהודים מברלין מתחנת הרכבת גרונוולד ב-63 שילוחים למחנות מוות כדוגמת אושוויץ ו-117 שילוחים לגטו טרזיינשטט.[2]

במהלך המלחמה נחרבו חלקים גדולים מן העיר כתוצאה מההפצצות והלחימה ברחובות. ב-1945, לאחר כיבוש העיר בידי הצבא האדום, נכנעו הנאצים. ברלין חולקה לארבעה חלקים, בדומה לאזורי הכיבוש שלפיהם חולקה גרמניה. החלקים של בעלות הברית המערביות (ארצות הברית, בריטניה וצרפת) אוחדו מאוחר יותר לברלין המערבית, בעוד שהחלק שבשליטת ברית המועצות זכה לשם "ברלין המזרחית" והיה לבירת גרמניה המזרחית.

 מפת חלוקת ברלין, 1949. הרבעים המערביים צבועים בגווני כחול והרובע הסובייטי באדום.

מערב ברלין היה אזור מנותק משאר חלקי גרמניה המערבית, ולפיכך שימש באופן טבעי כנקודת המוקד של שני הגושים במלחמה הקרה. ההבדלים הגדולים בין הגישה הפוליטית של בעלות הברית המערביות לבין הגישה הסובייטית הובילו את ברית המועצות, ששלטה על האזור סביב ברלין, להכריז על הסגר על ברלין - סגר כלכלי שהוטל על ברלין המערבית בשנים 1948–1949. בעלות הברית המערביות התגברו על הסגר באמצעות רכבת אווירית.

ב-1949 הוקמה בגרמניה המערבית "הרפובליקה הפדרלית של גרמניה", בעוד שבגרמניה המזרחית הוכרזה "הרפובליקה הדמוקרטית הגרמנית-קומוניסטית". עקב היותה של ברלין שטח כבוש ולא שייך (באופן רשמי) לגרמניה, הקימה הרפובליקה הפדרלית, גרמניה המערבית, את בירתה בבון. מאותה סיבה זכו תושבי מערב גרמניה הגרים בעיר לפטור משירות צבאי והוענקו להם הקלות במסים, דבר שנועד לעודד הגירת תושבים לעיר. ברלין המזרחית, שכללה את רוב המרכז ההיסטורי, הייתה לבירתה של גרמניה המזרחית.

העיר המחולקת  נפילת חומת ברלין, 1989.

אף על פי שגרמניה המזרחית הקימה ב-1952 גבול מבוצר ובלתי עביר בינה לבין שכנתה המערבית, המשיכו אזרחיה לנהור באין מפריע כמעט לברלין המערבית ודרכה למערב. תופעה זו, שהביאה להגירתם של קרוב ל-3 מיליון מזרח-גרמנים בשנים 1949–1961, הייתה לצנינים בעיני שלטונות המזרח במידה רבה של צדק, שכן איימה על יציבותה של מדינתם, וב-13 באוגוסט 1961 הם החלו בהקמתה של חומה שתחצוץ בין מזרח ומערב העיר - חומת ברלין.

  ערך מורחב – חומת ברלין

שני חלקיה של ברלין הפכו לנפרדים לחלוטין. תושבי מערב גרמניה יכלו לעבור לצדה המזרחי רק דרך נקודות ביקורת שבוקרו בקפדנות. עבור רוב תושבי ברלין המזרחית נסיעה למערב ברלין ולמערב גרמניה לא הייתה אפשרית עוד, אלא במקרים נדירים מאוד.

נפילת חומת ברלין ב־9 בנובמבר 1989 הייתה לסמל לסיום המלחמה הקרה. ב־1990 התאחדו שני חלקי ברלין, והחל דיון האם בירת גרמניה המאוחדת תישאר בבון או שתעבור לברלין. ב-1991 הצביע הבונדסטאג להשיב את הבירה הגרמנית לברלין עד שנת 1999.