De acordo coa tradición, no ano 616 fundouse un santuario no lugar coñecido como "Thorney Island". Dise que foi milagrosamente consagrado despois de que un pescador do río Támese tivera unha visión de san Pedro. Aínda que a existencia do santuario é incerta, a abadía histórica foi construída por Eduardo o Confesor entre os anos 1045 e 1050 e foi consagrada o 28 de decembro de 1065. Eduardo construíu a abadía ao faltar a un voto no que prometía realizar unha peregrinación; o papa aconselloulle redimirse construíndo unha abadía.

A abadía orixinal, de estilo románico, foi construída polos monxes bieitos. Reconstruíuse en estilo gótico entre 1245 e 1517. A primeira fase da reconstrución foi organizada polo rei Henrique III, como un santuario en honra a Eduardo o Confesor. Os traballos rematáronse durante o reinado de Ricardo II. Henrique VII engadiu unha capela dedicada á Virxe María en 1503. A pesar de que a abadía estivo cercada por Henrique VIII durante a disolución dos mosteiros en 1534 e pechada en 1540, en 1550 salvouse da destrución grazas á súa conexións coa realeza.

O dito inglés "robbing Peter to pay Paul", (en galego: "roubar a Pedro para pagarlle a Paulo") sendo o equivalente en galego "desvestir a un santo para vestir a outro", procede deste período no que o diñeiro destinado á abadía, dedicada a san Pedro, destinouse ao tesouro da catedral de San Paulo. En 1640 sufriu diversos danos ao seres atacada por puritanos pero foi protexida de novo grazas ás súas estreitas relacións co estado. Oliver Cromwell recibiu un fastuoso funeral no templo en 1658 para ser desenterrado en xaneiro de 1661 por orde de Carlos II.

A abadía volveu a mans dos bieitos baixo o reinado da raíña María que morreu en 1558 durante o reinado da súa irmá, Isabel I e foi soterrada na mesma abadía. En 1579, Isabel I de Inglaterra recuperouna converténdoa na igrexa colexiata de San Pedro.

As dúas torres situadas ao oeste da catedral construíronse en 1722 por Christopher Wren e Nicholas Hawksmoor; están feitas con pedra de Portland e son un exemplo da revitalización do deseño gótico. No século XIX realizáronse diversas reformas.