Tragurion (Τραγύριον en grec ancien) a été interprétée comme signifiant « l'île aux boucs ». Une étymologie celtique a également été proposée selon laquelle Tragurion serait probablement le neutre toponymique fait sur le nom d’un Gaulois *Trag-ūriio-s, désignation dont le sens serait « le Coureur »[1].

La ville fut fondée au IIIe siècle av. J.-C. par des Grecs venus de la colonie d'Isa sur l'île de Vis (Lissa). Le petit comptoir grec cohabita avec les occupants illyriens jusqu'à l'arrivée des Romains qui firent de Tragurium un port actif. La prospérité soudaine de Salone entraîna la crise de Trogir. Du Ve au VIIe siècle, l'île échappe aux Barbares (Avars et Slaves) qui envahirent la côte dalmate, ce qui entraîna l'arrivée de migrants de Salone.

Par la suite, la ville décida de se joindre à l'Empire byzantin. À partir du IXe siècle, Trogir commença à payer tribut aux suzerains croates. Le diocèse de Trogir fut fondé au XIe siècle (aboli en 1828) et en 1107, la ville reçut une charte du roi Coloman de Hongrie, qui octroya son autonomie communale. En 1123, la ville fut conquise et entièrement détruite par les Sarrasins. Trogir retrouva cependant sa prospérité économique pour un temps aux XIIe et XIIIe siècles. En 1242, le roi Béla IV de Hongrie, fuyant les Tatars, trouva refuge dans la ville. Aux XIIIe et XIVe siècles, les membres de la famille Šubić furent les ducs le plus souvent élus par les citoyens de Trogir. Mladen III (1348), qui selon une inscription figurant dans la cathédrale de Trogir, était appelé le bouclier Croate, fut l'un des plus célèbres Šubićs.

En 1420 commença une longue période de domination vénitienne. Après la chute de Venise en 1797, Trogir entra dans l'Empire Habsbourg qui contrôla la ville jusqu'en 1918, à l'exception d'une occupation par l'Empire français de 1806 à 1814.

Après la Première Guerre mondiale, Trogir, avec le Royaume de Croatie-Slavonie, fut intégrée au sein du Royaume des Serbes, Croates et Slovènes, plus tard dénommé Royaume de Yougoslavie. Au cours de la Seconde Guerre mondiale, Trogir fut occupée par l'Italie. Les habitants de la ville étaient essentiellement pro-alliés, et la ville fut libérée en 1944. Depuis, la ville a fait partie de la Yougoslavie, et à partir de 1991, de la Croatie.

Entre les XVe et XVIIIe siècles, l'île était un port de commerce important pour le bois destiné à la construction navale et aux digues de Venise. Ville forteresse, elle était aussi - les églises en témoignent - un îlot catholique face à l'orthodoxie ou à l'islam.