Les premières mentions de la tour se trouvent dans des sources datant du Ier siècle. La tour fut construite par des seigneurs arméniens de la province historique de Syunik[1]. Il s'agissait de l'une des plus importantes forteresses d'Arménie à cette époque[2]. Au Xe siècle, la tour était entre les mains de la dynastie Bagratouni. En 914, Yusuf ibn Abi'l-Saj occupa Duin et captura le roi d'Arménie Smbat Ier. Yusuf avait le profond désir de prendre la citadelle arménienne qui résistait aux armées arabes depuis fort longtemps. Il exécuta Smbat devant Yernjak pour forcer la reddition de la forteresse[3],[4]. Yernjak fut finalement capturée par l'émir de Gokhtan un peu plus tard. Au XIIIe siècle, elle passa aux mains de la dynastie arménienne Orbelian dont les seigneurs faisaient partie de Syunik[1]. Il se pourrait que la tour leur ait servi de résidence[5].

Au XIVe siècle, la tour appartenait aux Eldiguzides, une dynastie turque. C'est à cette époque qu'elle fut appelée Alinja[1]. Le trésor de l'empire seldjoukide d'Irak était gardé dans la tour par les Eldiguzides[6]. La tour dut à ce moment faire face aux invasions de Tamerlan dans la région. Pendant 14 ans, des soldats assiégés défendirent la tour contre les armées de Tamerlan et de son fils Miran Shah avec l'aide des Géorgiens.