Fresque du pêcheur aux coryphènes datant d'avant l'éruption du XVIIe siècle av. J.-C. Fresque minoenne représentant des lys et des hirondelles.

D'après Hérodote[1], l'île est habitée par des Phéniciens lorsque le héros Théras fonde la colonie dorienne de Théra, à l'époque archaïque. Par la suite, l'île appartient successivement à la ligue de Délos, à l'Égypte ptolémaïque et à l'Empire romain devenu byzantin.

Comme le reste des Cyclades, l'île est conquise par les Latins après la conquête de Constantinople (1204) ; elle dépend alors vraisemblablement du duché de Naxos dirigé par la famille vénitienne Sanudo (l'assertion de Karl Hopf selon laquelle elle aurait été conquise par Jacopo Barozzi n'étant pas confirmée par les documents contemporains, elle est généralement rejetée par les historiens récents)[2],[3]. Elle est reconquise vers 1275 pour les Byzantins par Licario. La guerre vénéto-byzantine (1296-1302) offre aux Vénitiens l'occasion de prendre leur revanche : en août 1301, le duc de Naxos Guglielmo Sanudo passe ainsi un contrat avec un corsaire anconitain en vue de la reconquête de l'île, mais il est devancé par un membre de la colonie vénitienne de Crète, Jacopo II Barozzi, ce qui déclenche un conflit entre les deux familles se terminant par une annexion par les Sanudo vers 1335.

En 1318, elle est attaquée par les Turcs des émirats côtiers (Menteshe ou Aydin), alliés des Catalans du duché d'Athènes avec lesquels Venise est en conflit[4], puis en 1345 par la flotte d'Umur Bey depuis Theologo[5].

En 1423, un procès oppose Maria Sanudo et sa fille Fiorenza au beau-frère de cette dernière, le duc Giovanni II Crispo ; Fiorenza, qui revendique l'île en vertu du testament de son défunt époux (entre autres litiges), est déboutée par les tribunaux vénitiens sur ce point[6]. En 1479, le duc Giacomo III Crispo la donne en dot à sa fille, une autre Fiorenza, mariée à Domenico Pisani ; cependant l'ile est occupée par le frère et successeur de Giacomo, Giovanni III, et un autre procès l'oppose aux époux Pisani jusqu'en 1486[7].

L'île passe progressivement sous domination ottomane à partir du milieu du XVIe siècle et rejoint la Grèce au cours de la guerre d'indépendance en 1821.

A partir de 1967[8], des fouilles sur le site d'Akrotiri mettent au jour de nombreuses fresques dont celles dites des « enfants-boxeurs »[9], du "pêcheur aux coryphènes" et des "singes bleus"[10], témoins de la civilisation minoenne remontant au IIe millénaire av. J.-C. D'importantes collections de céramiques sont aussi dégagées du champ de fouilles. Ces œuvres d'art ont été ensevelies sous les cendres volcaniques et la ponce qui les ont préservées de l'éruption minoenne, des séismes ultérieurs et de l'érosion. Une fois dégagées, elles sont conservées dans des musées et le site est protégé par une toiture.

Hypothèse de localisation de l'Atlantide

L'archéologue grec Spyrídon Marinátos et son compatriote le sismologue Angelos Galanopoulos proposent dans les années 1960 l'« hypothèse minoenne » selon laquelle la destruction de l'île, passée dans la mémoire collective sous forme de mythe, aurait inspiré à Platon son récit de l'Atlantide[11],[12]. Cette hypothèse est de nos jours discutée car la persistance dans la mémoire collective d'un souvenir, même mythifié, sans qu'aucun texte antique ne nous soit parvenu à ce sujet, et ce durant neuf siècles (durée que Platon multiplie par dix en évoquant une Atlantide ayant existé « neuf mille ans avant le règne de Solon »), semble peu probable[13],[14] ; Platon n'évoque d'ailleurs aucun cataclysme volcanique et sa topographie, l'orographie et la luxuriance qu'il décrit ne correspondent pas à la géographie de l'ancienne île[15]. Même les preuves du méga-tsunami destructeur sont actuellement remises en question[16].