Au début du XVIIIe siècle, Porto Covo était un très petit village du littoral qui vivait de la pêche et du commerce. Cependant, son petit port était beaucoup tributaire des conditions climatiques et, lorsque le temps était mauvais, on ne pouvait sans risques ni entrer ni sortir du port. Vers la fin du siècle, un riche bourgeois de la capitale, Fernandes Bandeira, commença à s'intéresser à l'endroit, et encouragea ses activités de pêche et ses activités agricoles, ainsi que la rénovation du village[1]. Ses efforts furent reconnus par la Cour, et il fut fait baron de Porto Covo, en 1804.

Près du village se trouvent deux forteresses de la fin du XVIe siècle, à l'époque du règne du roi Philippe Ier de Portugal (Philippe II d'Espagne) : l'une se trouve sur l'île de Pessegueiro, et est aujourd'hui en ruines ; l'autre se trouve sur la côte juste en face[1]. Toutes deux furent construites pour contribuer à la défense et à la surveillance de la zone, qui était supposée devenir un grand port maritime.

La paroisse de Porto Covo fut officiellement créée le 31 décembre 1984. L'île de Pessegueiro fait partie de la paroisse. Jusqu'à cette date, ce n'était que l'un des districts portant ce nom. Une chanson de Rui Veloso a pris le nom de ces freguesias et les a fait connaître du peuple portugais.