Fondée en 1667, à la suite de la découverte d'or dans les montagnes de l'État du Minas Gerais, la ville de Paraty s'enrichit rapidement en devenant le port duquel partent les navires qui transportent l'or vers le Portugal. Pendant deux siècles, ce petit port de pêche dissimulé au fond de sa baie fut le point d'embarquement des armadas de galions chargés de convoyer les richesses du Brésil vers la capitale portugaise, Lisbonne.

Cette belle ville fut alors construite dans le plus pur style colonial avec une église à l'architecture baroque. C'était une ville secrète où vivaient des soldats, des flibustiers et des esclaves.

Lorsqu'il fut décidé que la route de l'or passerait par Rio de Janeiro et non plus par Paraty, le port fut alors quasiment abandonné par sa population. Pour cette raison, l'architecture de la ville n'a presque pas changé depuis cette époque, ce qui lui confère un intérêt culturel et touristique majeur. Jusque dans les années 1950, il n'y avait même plus de route pour y accéder.