La région est cultivée depuis environ 6 500 ans (-4500) : néolithique du Fayoum. La construction du canal Bahr Youssouf (rivière de Joseph), vers -2300, permet d'irriguer l'oasis depuis le Nil.

L'actuelle Médinet el-Fayoum est bâtie sur le site de la ville de Sh-d-y-t (Shedet) de l'Égypte antique, appelée par les Grecs anciens Crocodilopolis, ville principale du Nome inférieur du Laurier rose.