Par un arrêté du 15 août 1907, le Gouverneur général de l'Afrique-Occidentale française (AOF), Ernest Roume, nomme le port « Port-Étienne », en l'honneur de l'ancien ministre des Colonies, Eugène Étienne[1].

Nouadhibou était une escale de l'Aéropostale de Latécoère, du temps des pionniers de l'aéronautique, pendant l'entre-deux-guerres. Jean Mermoz et Antoine de Saint-Exupéry y relâchèrent souvent.

Depuis le début de l'année 2006[2], Nouadhibou est devenue un point de départ d'émigrants africains tentant de rejoindre les îles Canaries. Cette voie — extrêmement dangereuse pour accéder au continent européen — est devenue populaire en raison du renforcement mi-2005 des contrôles d'émigration le long de la côte marocaine et autour des enclaves espagnoles de Ceuta et Melilla.

Au moins 58 personnes meurent en décembre 2019 dans le naufrage d'une embarcation à quelque 25 km au nord de la ville[3].