Le musée Czartoryski de Cracovie a été ouvert en 1878. Ses origines remontent à 1801 et aux collections de la princesse Izabela Czartoryska, présentées dans son musée de Puławy. À la fin du XIXe siècle, les collections ont été transférées à Cracovie.

Après la Seconde Guerre mondiale, le musée était sous la tutelle du Musée National de Cracovie, et en 1991, la Fondation des Princes Czartoryski a pris en charge les collections. Le 29 décembre 2016, la Fondation des Princes Czartoryski a vendu l'ensemble de la collection ainsi que les bâtiments du musée à l'État polonais pour un montant total de 100 millions d'euros. Depuis lors, la collection des princes Czartoryski fait partie intégrante du Musée National de Cracovie.

Le musée conserve des œuvres de peinture européenne des XIIIe–XVIIIe siècles, des objets d'artisanat européen et islamique du Moyen Âge au XIXe siècle, des estampes, de l'art antique ainsi que des objets militaires.

Parmi les œuvres conservées se trouvent notamment La Dame à l'hermine de Léonard de Vinci et le Paysage avec le Bon Samaritain de Rembrandt. Le Portrait de jeune homme de Raphaël a été perdu pendant la Seconde Guerre mondiale.