Le site archéologique présente en réalité trois ensembles radicalement différents et séparés géographiquement, correspondant à trois étapes distinctes d'occupation :

la Paléopolis, cité des fondateurs (42° 08′ 23″ N, 3° 07′ 05″ E) la Néapolis, nouvelle ville grecque (42° 08′ 05″ N, 3° 07′ 14″ E) la ville romaine, située en hauteur (42° 08′ 01″ N, 3° 07′ 03″ E)La période grecque  Drachme d'Emporion, période -241/-218.

Vers 600 av. J.-C., les Phocéens, venant de la cité grecque de Phocée, en Ionie (Asie Mineure), fondent des villes autour de la Méditerranée, dont Massalia (Marseille) et Alalia (Aléria, Corse, vers 565). Peu après, la fondation de Massalia, ils créent un comptoir nommé Emporion (Ampurias)[1]. Le mot grec emporion désigne un comptoir destiné au commerce, par opposition aux colonies de peuplement[2].

La Paléopolis

Ces fondateurs phocéens choisissent de s'établir sur une île proche de la côte, de dimensions modestes et facile à défendre, dominant une anse aménageable en port, ce qui est loin d'être un cas isolé en Méditerranée : Syracuse, Tarente et bien d'autres cités présentent une configuration géographique similaire au moment de leur fondation.

Cette Paléopolis (nom donné par les archéologues au site du premier établissement phocéen), ancien îlot aujourd'hui rattaché au continent par l'envasement du port antique, reste mal connue, car de nos jours en totalité occupée par le village de Sant Martí d'Empúries. De fait très peu de fouilles ont pu être entreprises en cet endroit habité et très resserré. Elles ont révélé quelques vestiges romains et médiévaux, ainsi qu'une courte section d'enceinte grecque, probablement du IVe siècle av. J.-C.

La Néapolis

En -546, les habitants de Phocée sont chassés de leur cité ionienne, détruite par les conquérants perses de Cyrus le Grand. Forcés à l'exode, ils affluent vers leurs colonies, dont Emporion : l'îlot fondateur se trouve alors surpeuplé, et les nouveaux habitants vont s'établir de l'autre côté du port, dans des maisons à la grecque, faites de petites pièces construites selon la place disponible. Ces constructions en dehors du site de la Paléopolis établissent une nouvelle ville (appelée la Néapolis par les archéologues). La construction d'une enceinte fortifiée pour protéger cette partie de la ville devient alors nécessaire. Les imposants vestiges de cette muraille sont encore visible au sud du site de la Néapolis.

La période romaine

Emporion, par sa parenté et ses relations avec Massalia, se trouvait aux IIIe et IIe siècles av. J.-C. une cité alliée aux Romains. Scipion l'Africain débarqua à Emporion en -218 avec l'intention de couper l'arrière-garde de l'armée d'Hannibal qui s'avançait vers l'Italie. C'est aussi à partir d'Emporion que Caton l'Ancien, en -195, pacifie les indigènes de toute la région[3].

Puis la ville finit par perdre son autonomie, et l'installation des vétérans de Pompée, en -45, en fait la très romaine Emporiæ.

La nouvelle ville romaine, bien différente des deux premiers établissements grecs qui continuent cependant à exister, est établie sur le large plateau qui domine le port et les quartiers grecs. Il devait y avoir un certain contraste entre d'un côté les artisans et le petit peuple du port s'activant dans les ruelles basses, et de l'autre les riches négociants romains établis en hauteur dans leurs vastes et somptueuses domus.

La ville atteint son apogée aux Ier et IIe siècles. De nos jours, seul un cinquième du site romain a été fouillé.

 Cathédrale de Castelló d'Empúries, avec son portail gothiqueDu Moyen Âge à nos jours

La ville est détruite à la fin du IIIe siècle par une invasion venue du nord, à l'origine de la basilique paléochrétienne visible de nos jours, siège d'un épiscopat wisigothique. Cet établissement est à son tour saccagé par une invasion normande.

Les musulmans arrivent en 718 et trouvent des habitants dans l'ancien îlot fondateur sur lequel s'élève aujourd'hui le village de Sant Martí d'Empúries. Ils l'occupent donc un temps, puis ce furent les Francs, et Charlemagne, qui y établit une garnison solide. C'est ainsi, nous dit Éginhard (tome I) que le comte Ermengol mit les musulmans en déroute, capturant huit navires et repoussant les autres vers Majorque.

L'endroit étant devenu peu à peu insalubre, les populations des alentours se regroupèrent pour fonder, à 15 km vers le nord, la cité épiscopale de Castelló d'Empúries, où l'on vit se construire une magnifique cathédrale, d'abord romane, puis gothique.

Des moines, établis sur le site antique, fondèrent le couvent de Sainte Marie de Grâce, au-dessus de la Néapolis, là où se trouve actuellement le musée monographique.