La présence humaine dans le territoire de la ville de Lekeitio remonte à la Préhistoire et est documentée par les restes trouvés dans le gisement de la grotte de Lumentza. Ces restes comprennent une période de temps qui va depuis le Paléolithique Supérieur jusqu'à la romanisation, quelques indices indiquent que la grotte a pu être habitée dans la période Aurignacien. Ce gisement a été étudié par Telesforo Aranzadi[1] et José Miguel de Barandiarán pendant les années 1930. Il y a aussi des découvertes, moins intéressantes, dans le gisement de Santa Katalina où a s'installer une Communauté collectant des mollusques et crustacés.

Il y a des indices de règlement d'époque romaine datée entre fin du Ier et début du Ve siècle.

1325 Maria Díaz de Haro, Dame (Seigneurie) de Biscaye, fonde la ville de Lekeitio et lui accorde sa lettre au peuple dans laquelle on la dote des juridictions correspondantes et des limites concrètes. La non acceptation des limites accordées par la Dame de Biscaye par les habitants des elizates qui entouraient la ville, et appartenant à la Tierra Llana de Biscaye, a donné lieu à de nombreux conflits.

En 1334 le roi Alphonse XI confirme la lettre au peuple et la juridiction accordée à la ville et ordonne de lever les murailles. La juridiction accordée à la ville de Lekeitio lui permettait, entre autres, l'élection de son organe de gouvernement, le Concejo, avec ses correspondants regidores (régisseurs) et maire.

Une particularité de la juridiction de Lekeitio était que la ville était copropriétaire des biens de l'église de Santa María en ayant accordé son patronat. Ceci lui permettait d'administrer les revenus de ses propriétés et de désigner les ecclésiastiques. Ils ont développé les décrets municipaux qui sont considérés comme les plus anciens du territoire historique biscaïen. Ces décrets réglaient les aspects de la coexistence entre les habitants de Lekeitio. Ils disposaient aussi de droits et privilèges relatifs à la navigation et à la pêche. Ceci a donné lieu au développement du transport maritime et, à son ombre, la réalisation d'actes de piraterie avec participation de la patente de corso (Lettre de marque).

La pêche a été une activité fondamentale à la ville depuis sa création. L'organisation de l'activité de pêche était réglée par les décrets de mareantes et contrôlée par la Confrérie des pêcheurs de San Pedro. Celui-ci était tellement important qu'ils avaient le droit de choisir un maire qui exerçait pour le reste de la population de la ville.

Le développement des activités maritimes a favorisé l'établissement de toute une industrie consacrée à la construction et à la réparation navale, dont les derniers restes peuvent encore être appréciés au début du XXIe siècle.

Pour l'année 1381 il existait déjà un port qui, alors, était situé dans la zone de la rivière du Lea. Au XVe siècle on a construit l'actuel port, qui sera, postérieurement réformé avec la construction nouveaux quais et d'une jetée, destinée à éviter l'ensablement. Jusqu'à la fin du XIXe siècle ou débuts du XXe siècle on ne résoudra pas la problématique portuaire.

La pêche a été l'économie de base de la municipalité. À partir de l'année 1500 jusqu'en 1900 Lekeitio a été le second port en importance de la province jusqu'à son déplacement par le voisin d'Ondarroa. Parmi les espèces pêchées il faut souligner l'importance la chasse à la baleine, qui a été pratiquée pendant le Moyen Âge et l'ère moderne. Tellement importante que cette ressource a représenté dans le blason d'armes de la ville.

À la fin du XXe siècle la pénurie de captures et les problèmes avec les lieux de pêche font que l'activité de pêche entre en crise. La crise de pêche influence les autres secteurs qui sont en rapport avec cette activité. En remplaçant la pêche on développe une importante activité touristique qui exploite l'enchantement et le glamour qu'a élu la ville par les gens qui y venaient en villégiature.

Le 1er décembre 1981, la vice-conseillère de l’administration locale résout de changer le nom officiel de la ville de Lequeitio par Lekeitio.