Depuis le Moyen Âge, le site est un lieu de pèlerinage. Un pont étroit suivi d'un escalier de 241 marches[1] creusées en partie dans la roche permet d'y accéder, la voie étant aménagée en chemin de croix jalonné de 14 stations. La légende veut que saint Jean Baptiste ait débarqué à Bermeo. Il aurait atteint l'îlot en trois enjambées, laissant une empreinte à chacun de ses pas, la dernière au sommet de l'île, et sur laquelle il aurait ordonné de construire l'ermitage. La tradition basque recommande après la pénible montée, de faire sonner trois fois (chiffre tiré du nombre des pas du saint) la cloche du sanctuaire en faisant un vœu. À l'origine de la tradition, il s'agissait d'effrayer les mauvais esprits.

L'emplacement du site lui confère longtemps un rôle stratégique dans l'histoire de la région. Il sera ainsi l'objet d'enjeux quelquefois sanglants[Lesquels ?].

La construction de l'ermitage de San Juan de Gaztelugatxe (en basque : Gaztelugatxeko Doniene), dédié à saint Jean Baptiste, remonterait au IXe siècle. Celle de la petite église remonterait au Xe siècle[2].

Des sépultures datant du IXe au XIIe siècle ont été découvertes tant sur l'esplanade qu'à l'intérieur de l'ermitage.

En l'an 1053, don Iñigo López « Esquirra » (1040-1077), premier Seigneur de Biscaye, en fit don à l'Ordre des chanoines de Prémontré ou norbertins (Orden Premonstratense)[3] établis près de Jaca en Huesca, mais sous le nom de monastère Sanctus lohannes de Peña. À partir de 1162, dans les documents en castillan ancien, le sanctuaire ne portera plus que ce nom-là.

À la fin du XIIIe siècle, il a probablement servi de retraite aux Templiers[4].

C'est à cet endroit que Juan Nuñez de Lara, Seigneur de Biscaye, affronte Alphonse XI, roi de Castille, en 1334[2].

En 1593 l'ermitage est mis à sac par Sir Francis Drake[2].

Un an plus tard, il fut la cible d'une attaque par des Huguenots venus de La Rochelle, qui n'hésitèrent pas à précipiter de haut de la falaise le seul habitant de l'île, un ermite.

Pendant l’Inquisition espagnole, l’Église catholique traque les hérétiques jusque dans les environs de l’île. En effet, dans la région, des personnages comparables à des sorcières faisant partie intégrante de la culture basque, célébraient des rituels appelés Akelarre (« lande du bouc », en basque). Certains récits suggèrent que nombre d’entre elles furent enfermées dans les grottes de Gaztelugatxe[2].

Le site est progressivement abandonné par les religieux, qui emportent tous les objets de valeur avec eux. Mais le sanctuaire continue toutefois à être fréquenté par les habitants des alentours, notamment les marins ayant survécu à un ou des naufrages ainsi que les couples soucieux de fertilité. C'est pourquoi il abrite de nombreux ex-voto[5]. Par ailleurs, les empreintes de pas de saint Jean-Baptiste sont censées être dotées de pouvoirs spécifiques[6].

Au XVIIIe siècle, le site est une dernière fois saccagé par des troupes anglaises.

Très détérioré, le site est entièrement reconstruit en 1886. Malheureusement, les objets retrouvés, qu'il s'agisse de pièces de monnaie ou de boulets de canon, jugés sans importance, seront jetés à la mer. Au XXe siècle, c'est ce qui attire, outre les légendes et l'exploration des fonds marins, les amateurs de plongée sous-marine.

Au XXe siècle, pendant la guerre civile espagnole, la bataille navale de Matxitxako a lieu à proximité de l’île[7].

En 1963, une image de la Vierge de Begoña (Virgen de Begoña) est placée dans les rochers, au-dessous de la surface de la mer.

Le 10 novembre 1978, le site est détruit dans un incendie[8]. Restauré par des bénévoles recrutés par le prêtre Ramon Mendizabal[9], le sanctuaire rouvre ses portes deux ans plus tard, le 24 juin 1980.