Le monastère troglodytique est fondé en 1051 par des moines venus du mont Athos en Grèce, saint Antoine l'Athonite et saint Théodose de Kiev. Il devient par la suite un centre important de l'orthodoxie dans la Rus’ de Kiev.

En 1096, le monastère est pillé par les Coumans dirigés par le khan Boniak.

Aux alentours de 1111, ce sont des moines de ce monastère, et en premier lieu Nestor, qui entreprennent la rédaction des Chronique des temps passés, affirmant l'origine varègue de la première dynastie russe : les Riourikides[1]. Cette origine ne fait pas l'unanimité parmi les historiens.

Le 25 janvier 1918 y est fusillé le métropolite Vladimir de Kiev. Cet évêque qui, fait exceptionnel, a occupé successivement les sièges de Saint-Pétersbourg, Moscou et Kiev, est tenu symboliquement pour le premier martyr de la Révolution russe.

En mars-avril 2020, lors de la pandémie de Covid-19 en Ukraine et dans le contexte de la guerre russo-ukrainienne, le monastère devient un important foyer de contamination, avec plusieurs dizaines de moines infectés. En mars, alors que des mesures de confinement étaient imposées par les autorités, le chef du monastère, le métropolite Paul, avait appelé les fidèles à « se précipiter dans les églises », à n’avoir « peur de rien » et à se donner des « accolades »[2].

Le 2 décembre 2022, durant l'invasion de l'Ukraine par la Russie, débutée en février de la même année, la laure de Kyïv-Pechersk a été officiellement enregistrée comme monastère au sein de l’Église orthodoxe d'Ukraine, église autocéphale affiliée au patriarcat de Constantinople, entrainant le départ de l'administration le 29 mars. Elle était auparavant sous le contrôle de l'Église orthodoxe ukrainienne affiliée au patriarcat de Moscou (EOU-PM) et donc à l'Église orthodoxe russe[3],[4]. Des moines et des étudiants en théologie de l'EOU-PM restent néanmoins dans le monastère, ce qui créé des tensions, tandis que certains bâtiments ont été mis sous scellés[5].