La fondation de Kibera remonte à 1912, lorsque le gouvernement colonial britannique installa les soldats nubiens (ou soudanais) qui avaient fait partie des « King's African Rifles » au sud-ouest de Nairobi. Le terrain sera appelé plus tard « Kibera », ce qui signifie « forêt » en langue nubienne.

Le gouvernement britannique fit alors de Kibera une réserve militaire et l’établit officiellement comme terre de résidence pour les soldats nubiens et leur famille à partir de 1918. À cette époque Kibera était alors un endroit boisé de 4 000 hectares, qui comptait à peine 600 âmes. En 1928 l’Armée britannique décida de transférer l’administration de Kibera au Conseil Municipal. Les droits de propriété existants furent retirés aux habitants, et on leur demanda de fournir des preuves, selon un procédé long et fastidieux, afin de prouver leur origine nubienne. Les Nubiens furent déclarés Tenants of the Crown (ou « Locataires de la Couronne »), ce qui signifiait que le gouvernement pouvait à tout moment mettre fin à leur statut de propriétaire. Toute structure bâtie dans Kibera risquait donc à tout moment d’être détruite au cas où l’État déciderait de construire un projet gouvernemental au même endroit.

Les problèmes de santé à Kibera devinrent rapidement si importants que dès 1948 il y eut une première demande de délocalisation générale. Malgré cela la cité continua à s’agrandir, passant de 6 000 habitants en 1965 à 62 000 en 1980, puis 248 360 en 1992 et enfin 500 000 en 1998. Les risques d'incendie sont aussi importants, d'autant plus qu'il est difficile aux secours d'y accéder facilement. Dans la nuit du 16 octobre 2013, un violent incendie détruit 200 maisons du « village » Fort Jesus[1].