Khounzakh était autrefois la capitale du petit khanat des Avars caucasiens. Le village a été pris par l'Empire russe en 1837, puis par l'imam Chamil en 1843. Il a été repris par les Russes en 1859, après la défaite de Chamil. De 1864 à 1928, Khounzakh était le chef-lieu de l'okroug des Avars daghestanais.