Édifiée dans une région de peuplement ancien, portant les traces de plusieurs villages médiévaux, dont certains engloutis, et qui aurait accueilli des monastères chrétiens dans l'Antiquité ou le haut Moyen Âge, la ville actuelle, de facture russe, date du XIXe siècle. Sa construction fait suite à la décision de coloniser la cuvette d'Issyk Koul prise par le tsar Alexandre II[1], après les expéditions de reconnaissance menées par l'officier et explorateur russe Nikolaï Mikhaïlovitch Prjevalski. Alors qu'il préparait une expédition pour le Tibet, il est décédé le 20 octobre (1er novembre) 1888 à Karakol, qui porta son nom en son honneur. Karakol a été initialement peuplée de paysans russes.

Pendant la Grande Guerre patriotique (1941-1945), la ville de Prjevalsk connaît un afflux de réfugiés et d'évacués venus de l'ouest de l'URSS[2].

En 1991, Prjevalsk (en russe : Пржевальск) a été rebaptisée Karakol. Karakol est aujourd'hui un marché de produits alimentaires et de bétail et le siège de l'administration provinciale et d'une petite université. La ville vit en partie de sa proximité avec la mine d'or de Koumtor, qui emploie de nombreux ouvriers localement.