Sous la dynastie chinoise des Han, le général han Ban Chao est envoyé pour soumettre les royaumes de la région qui s'étaient rebellés. Après avoir soumis la région, il y installe des souverains pro-chinois, et poussa ses explorations vers l'Ouest jusqu'à la Mésopotamie et au-delà. Pendant toute la période allant du IIe siècle jusqu'à l'arrivée de l'Islam au IXe siècle, Kachgar et sa région sont une terre où domine le bouddhisme hīnayāna (« Petit Véhicule »), notamment au sein de l'Empire kouchan, premier royaume bouddhiste. Pendant l'époque des Seize Royaumes (304–439), la région fait partie du territoire de dynastie han des liang antérieurs. À l'époque de la dynastie Tang (618-907), les Chinois ont pleine souveraineté sur Kachgar au sein du Protectorat des Régions de l'Ouest, et y installent une garnison. Le christianisme se diffuse en Chine, sous sa forme nestorienne, à partir de l'an 635. On trouve encore un évêché nestorien à Kachgar au XIVe siècle[1]. En 711, les Arabes envahissent la région. Il est question d'une conquête par Qutayba ben Muslim du Xinjiang, mais elle est controversée. Au Xe siècle : Les Ouïgours chassés de leur khaganat situé sur l'actuelle Mongolie, se divisent en deux groupes. L'un les ouïgours de Ganzhou, s'installe à l'Est dans l'actuelle province du Gansu, l'autre fonde le Royaume Ouïghour de Qocho (ou Gaochang) (chinois : 高唱回鹘), près de Kachgar. Les Qarakhanides (peuple turc), diffusent l'islam dans la région[2]. Au XIIIe siècle, le khagan mongol, Gengis Khan et ses successeurs prennent le contrôle de la région et de l'ensemble de la Chine, sous la dynastie Yuan. Plus tard, les armées de Tamerlan déferlent sur l'Asie centrale. Viennent ensuite des guerres entre différentes tendances religieuses de l'islam[3]. À partir de 1514 est créé le Khanat de Yarkand par les Djaghataïdes (des descendants de Gengis Khan), qui contrôlent la région. La région est contrôlée par les mongols du khanat dzoungar, leur religion est le bouddhisme tibétain, ils se livrent à des guerres avec le khanat qoshot, plus proche du pouvoir Mandchou et qui contrôle le Tibet, chacun voulant y placer son Lama, puis plus à l'Est en Mongolie et Mongolie-Intérieure. Au XVIIIe siècle, les Mandchous qui contrôlent l'Empire chinois s'allient aux Mongols orientaux contre le khaganat dzoungar, dans la guerre Dzoungar-Qing (1687-1758). Le kanatest complétement anéanti, les survivants fuient vers la Russie et s'installent sur la Volga, pour former l'actuelle Kalmoukie. Les Mandchous rebaptisent la région « Xinjiang »[4]. L'intérêt de la Russie pour la région est au XIXe siècle un foyer d'instabilité dans le Turkestan chinois. Profitant de cette situation et de la lassitude des musulmans de la région vis-à-vis du despotisme mandchou, le chef militaire Yakoub Beg (ou en transcription anglaise Yaqub Beg ; chinois : 阿古柏 ; en persan : یعقوب بیگ) conquiert Kachgar et Yarkand et prend progressivement le contrôle de la région. D'abord vassal du Khan de Kokand, il déclare l'indépendance de la Kachgarie ou Kasgharie en 1866, et y établit un pouvoir musulman, qui est rapidement contesté par ses sujets. Profitant de la concurrence entre Chine, empire ottoman, Russie et Grande-Bretagne, Yakoub Beg signe des traités avec ces dernières puissances et obtient des armes de l'Empire ottoman, mais se révèle impuissant à décider ses partenaires à le soutenir effectivement contre la première. Les forces chinoises, menées par le général Tso tsung T'ang, entament la reconquête et défont les forces de Yakoub Beg, qui meurt (à un moment et dans des circonstances donnant lieu à controverse) vers 1877. Entre novembre 1933 et avril 1934, Kachgar est le noyau de brève Première République (Turkestan oriental) ou république islamique turque du Turkestan oriental (RITO), ou république de l'Ouïghourstan. La Seconde République (Turkestan oriental) (1944-1949), initié par les soviétiques, sur la moitié Nord du Xinjiang, avec Yining (Ghulja) pour capitale, ne concerne pas Kachgar. Depuis 1955, la région nommée Xinjiang par les Mandchous de la dynastie Qing en 1760[4] devient Région autonome ouïghoure du Xinjiang, avec Ürümqi pour capitale. Depuis, des troubles dans la région autonome ouïghoure du Xinjiang affectent également Kachgar.