Les origines de la ville restent controversées. L'installation des Sérères dans cette zone pourrait s'expliquer par l'avancée des Almoravides qui les contraignirent au XIe siècle à quitter la vallée du fleuve Sénégal pour venir occuper la Petite-Côte et la région du Sine. Joal-Fadiouth pourrait aussi avoir été fondé par la dernière dynastie sérère Guelwar, après leur expulsion du royaume mandingue de Gabou. Les deux versions trouvent aisément leur justification si l'on considère les patronymes les plus répandus aujourd'hui.

La période coloniale voit se succéder Portugais, Hollandais, Français et Anglais. Joal devient par la suite l'un des plus grands comptoirs commerciaux de l'ouest du Sénégal. Le développement du commerce triangulaire favorise aussi la pénétration chrétienne et, dès 1636, des missionnaires s'installent sur la côte. Mais l'évangélisation rencontre une forte résistance et c'est seulement au XIXe siècle que le christianisme commence à prendre de l'importance, notamment grâce aux missionnaires français. En 1850 une mission est érigée dans le village et le premier prêtre y est ordonné en 1885.

C'est également à cette époque que l'on signale le passage à Joal du fondateur de l'empire toucouleur El Hadj Oumar Tall (1794c-1864), comme en témoigne la mosquée construite en son hommage.

Un important patrimoine architectural rappelle cette grandeur passée, mais la plupart des édifices, dont le palais du gouverneur, sont menacés de ruine.

Joal, sur le littoral Fadiouth, sur une île