L'île de Heligoland accueillait un sanctuaire dédié à Fosité, le dieu marin du peuple frison, d'où l'ancien nom donné à l'archipel : Fositeland.

La garnison danoise en fut chassée par une escadre de la Royal Navy le 31 août 1807. À partir de 1808, des licences de commerce délivrées par le gouvernement de Londres à des négociants britanniques fit de Heligoland une plaque tournante de la contrebande permettant de contourner le blocus continental instauré par Napoléon Ier. L'archipel fut officiellement annexé en 1814 par le Royaume-Uni au terme du traité de Kiel mettant fin à la guerre des canonnières que menait le Danemark en réponse à l'agression britannique de 1801. En 1855, il servit de base de formation à la légion étrangère levée en Allemagne par le gouvernement britannique pour combattre l'Empire russe durant la guerre de Crimée.

En 1890, selon les termes du traité Heligoland-Zanzibar, le Royaume-Uni échangea Heligoland avec l'Empire allemand contre certaines possessions allemandes en Afrique de l'Est et la promesse de l'Empire allemand de ne pas interférer dans la politique britannique concernant le sultanat de Zanzibar.

Heligoland subit des bombardements en 1944 et 1945, ce qui entraîna l'évacuation de la population allemande à la fin avril 1945. L'archipel fut occupé en mai par les Britanniques qui l'utilisèrent comme champ de tir. Il fut restitué à la République fédérale d'Allemagne en mars 1952, ce qui permit le retour de ses habitants. L'activité économique est depuis lors tournée vers le tourisme.