Le nom de Gouda est mentionné pour la première fois en 1139, dans une charte de l'évêque d'Utrecht. Gouda a commencé comme une petite communauté, au confluent de l'Yssel hollandais et du Gouwe pour devenir une ville de taille moyenne.

Au XIIIe siècle, la Gouwe est reliée au Vieux Rhin par un canal[1]. Son embouchure devient un port et le château de Gouda (nl) est créé pour le protéger. Gouda se trouve sur une route commerciale entre la Flandre et la France d'une part et la mer Baltique d'autre part. En 1272, Florent V, comte de Hollande, confère à Gouda le statut de ville, consacrant son importance naissante[2]. Des canaux, ou grachten, sont alors creusés et servent de moyens de transport à travers la ville.

Des incendies ravagent la ville en 1361[3] et 1438.

Pendant les querelles des Hameçons et des Cabillauds, la ville fait partie, avec les forteresses de Schoonhoven et d'Oudewater, de la base stratégique de la comtesse Jacqueline de Hainaut pour sa reconquête de la Hollande. En 1428, Philippe le Bon l'assiège dans la ville avec une armée bourguignonne importante et la force à capituler de ses prétentions avec le traité de Delft.

En 1572, l'occupation de la ville par les Gueux, néerlandais en rébellion contre la domination espagnole, entraîne de nouvelles destructions. La démolition du château de Gouda commence en 1577.

En 1574, 1625, 1636 et 1673, Gouda subit des épidémies de peste. Celle de 1673 est la plus meurtrière : 2 995 habitants, soit 20 % de la population, y succombent[4].