La vallée du Mzab, vue sur le ksar de Beni Isguen.

À partir du Xe siècle, après la chute du royaume Rostémide par les Fatimides, les réfugiés de Tahert s'établissent à Sedrata près d'Ouargla. Puis, ils atteignent la région de la Chebka du Mzab. Au XIe siècle, ils bâtissent la pentapole du Mzab : Ghardaïa, Melika, Beni Isguen, Bounoura et El Atteuf[1]. Ghardaïa est fondée en 1048[2] ou 1053[3],[4] sur la rive droite de l'Oued M'zab et en amont des quatre autres centres de la Pentapole[2].

Située sur l'axe du méridien d'Alger, qui est une pénétrante idéale vers le Sud, la ville devient rapidement la capitale commerciale du Mzab, et constitue un relai du commerce caravanier transsaharien[5]. Elle est l'une des principales cités à bénéficier dès le XIVe siècle de cette manne et a acquis le statut de cité « opulente » de la pentapole[5]. Ce trafic était encore prospère au XVIIIe siècle[6].

 Vue de la ville de Ghardaïa au XIXe siècle

Lors de la conquête coloniale française, le Mzab, qui avait en 1853 bénéficié d'une convention d'autonomie, est annexé en 1882. Toutefois, les particularités de gestion interne des cités mozabites sont respectées[4] . En 1902, lors de la création des Territoires du Sud, Ghardaïa est incorporée au Territoire de Ghardaïa qui avait comme chef-lieu Laghouat[7]. Après la départementalisation du Sahara algérien en 1957, elle est intégrée à l'arrondissement de Laghouat dans le département des Oasis[8].

 Timbre représentant la ville en 1971.

Après l'indépendance de l'Algérie, en 1984, elle a été érigée en chef-lieu de wilaya[4]. Au début d'octobre 2008, la ville a connu la plus grande inondation depuis 50 ans. Plusieurs dizaines de victimes, des blessés et des centaines de maisons détruites[9].