La Forêt-Noire sur la Table de Peutinger : une chaîne de montagnes avec des arbres aux formes fantastiques comme symbole d'un terrain instable et pratiquement inaccessible.

Dans l'Antiquité, la Forêt-Noire était connue sous le nom d'Abnoba mons, du nom de la divinité celtique Abnoba. À l'époque romaine, le nom de Silva Marciana (« forêt marcynienne », du mot germanique marka « frontière ») lui a été donné. La Forêt-Noire représentait probablement la zone frontalière des Marcomans (« peuple frontalier ») qui étaient installés à l'est du limes romain. Ils faisaient à leur tour partie de la tribu germanique des Suèves, qui ont ensuite donné leur nom à l'État historique de Souabe. À l'exception des établissements romains sur le périmètre (par exemple les bains de Badenweiler, et les mines près de Badenweiler et de Sulzburg) et de la construction de la route romaine de la Kinzig, la colonisation de la Forêt-Noire n'a pas été effectuée par les Romains, mais par les Alamans. Ils se sont installés et ont d'abord colonisé les vallées, en franchissant l'ancienne frontière de colonisation, dite « frontière de grès rouge », par exemple depuis la région de Baar. Peu après, des zones de plus en plus élevées et des forêts adjacentes ont été colonisées, de sorte qu'à la fin du Xe siècle, les premiers établissements se trouvaient dans la région du grès rouge (Bunter). Parmi ceux-ci, on trouve par exemple Rötenbach, qui a été mentionné pour la première fois en 819.

Durant la guerre des Six Deniers au XVe siècle, les Mulhousiens et leurs alliés mirent à feu et à sang toute l'Alsace ainsi que la Forêt-Noire.

Certains des soulèvements (dont le mouvement Bundschuh) qui ont précédé la guerre des paysans allemands, sont originaires de la Forêt-Noire au XVIe siècle. D'autres troubles paysans, sous la forme des soulèvements du salpêtre, ont eu lieu au cours des deux siècles suivants dans la région du Hotzenwald, qui correspond au sud de la Forêt-Noire.

Des vestiges de fortifications militaires datant des XVIIe et XVIIIe siècles se trouvent en Forêt-Noire, notamment sur les cols de montagne. Parmi eux figurent les multiples ouvrages de campagne baroques du Margrave Louis-Guillaume de Bade-Bade ou des positions défensives individuelles comme la forteresse d'Alexandre, la Röschenschanze et la forteresse suédoise (Schwedenschanze).

 Maison typique (en) de la Forêt-Noire, 1898.

À l'origine, la Forêt-Noire était une forêt mixte de feuillus et de sapins. En altitude, l'épicéa poussait également. Au milieu du XIXe siècle, la Forêt-Noire a été presque entièrement déboisée par la sylviculture intensive et a ensuite été replantée, principalement par des monocultures d'épicéas.

En 1990, les tempêtes Vivian et Wiebke ont causé des dégâts considérables à la forêt. Le 26 décembre 1999, la tempête Lothar a traversé la Forêt-Noire et a causé des dégâts encore plus importants, notamment aux monocultures d'épicéas. Comme cela s'était produit après les tempêtes de 1990, de grandes quantités de grumes tombées ont été conservées pendant des années dans des zones provisoires de stockage humide. Les effets de la tempête sont décrites en empruntant le sentier Lothar (Lotharpfad), un sentier forestier éducatif et d'aventure au centre de la nature de Ruhestein (de) parcourant une forêt de bois d'altitude d'environ 10 hectares qui a été détruite par un ouragan. Plusieurs zones endommagées par la tempête, grandes et petites, ont été laissées à la nature et sont aujourd'hui redevenues une forêt mixte naturelle.