Si le folklore humoristique local nomme le rocher « la fiente de Gargantua »[1], la science explique très simplement qu'il s'agit d'un neck, dernier relief d'une éruption surtseyenne dégagé par l'érosion[2].

L’évêque du Puy-en-Velay Godescalc, premier pèlerin reconnu de Saint-Jacques-de-Compostelle[3], est à l’origine de la fondation d'une chapelle construite par le chanoine Truanus (Truand) doyen de la cathédrale. Elle est achevée en 961 dans un style préroman prenant la forme d'un oratoire aulique. Certains évoquent antérieurement un temple dédié à Mercure[4]et pensent que l'institution religieuse a voulu ainsi opérer une substitution de cultes à la divinité lumineuse Lug-Mercure[5]. Aucune trace archéologique n'a été retrouvée, l'aménagement de l'escalier d'accès date de cette époque et le texte de fondation contemporain de son érection évoque que seuls quelques hommes très agiles escaladaient ce rocher.

Une histoire renforce la renommée du rocher, celle du saut de la pucelle : une jeune fille accusée d'inconduite est jetée du haut du rocher à titre de châtiment probatoire ; elle en réchappe prouvant son innocence ; après avoir une autre fois renouvelé le miracle, infatuée, elle recommence et se tue[6].

Dès sa fondation, elle dépend du chapitre de la cathédrale tant pour le matériel et les revenus que pour le service liturgique ; le chapitre restera jusqu'à la Révolution seigneur d'Aiguilhe. Le pèlerinage est le plus souvent une étape de la dévotion à la cathédrale mais l'histoire a retenu l'ascension de certains pèlerins célèbres : Charles VII, Louis XI et Charles VIII[7]. Si des ermites ont occupé des grottes sur le chemin de la chapelle, il n'y a pas de preuve d'une occupation permanente du rocher ; en l'absence de documents écrits, la signification des traces de constructions en dehors de trois oratoires n'est pas encore comprise[6].

En 1245, la foudre frappe le clocher.

Trois oratoires sont construits qui émaillent l'escalier d'accès : deux sont dédiés aux archanges Raphaël et Gabriel, le troisième est dédié à saint Guinefort, lévrier sanctifié protecteur des enfants dont le culte est condamné en vain par le concile de Trente. Ce chien serait évoqué dans les sculptures du portail. Ils ne sont plus qu'à l'état de vestiges en 1809.

En 1420, il est question d'intégrer Aiguilhe déjà close et fortifiée jusqu'au sommet du rocher (chemin de ronde autour de l'église) à la ville du Puy, ce projet ne verra finalement pas le jour.

En 1562, les protestants détruisent la statue de saint Michel[6].

N'étant pas une paroisse, elle est abandonnée à la Révolution, son existence est alors menacée. Elle est tirée de l'ombre pour son intérêt architectural et pictural par une élite éclairée dont Prosper Mérimée qui s'intéresse aux peintures murales. Elle est alors confiée à l’État et bénéficie de la première liste d'inscription comme monument historique protégé en 1840[6].

Prosper Mérimée fait des peintures murales de Saint-Michel alors recouvertes d'un badigeon coloré appliqué en 1823 une bannière pour la restauration des peintures médiévales dès 1838. Mallay, architecte diocésain, est chargé de faire établir un devis des réparations à effectuer et relève le clocher de la chapelle. Anatole Dauvergne réalise un certain nombre de dessins, d'aquarelles et de relevés des vestiges de peintures alors conservées ; certaines ont disparu depuis et ces relevés sont la seule trace de cet existant ; après avoir été répertoriées, elles sont ensuite restaurées[8],[9].

Les restaurations du XXe siècle sont mal documentées. Des travaux sous l'autel majeur en 1955 permettent la découverte d'un trésor reliquaire : un christ polychrome en olivier, une croix pectorale, un coffret en ivoire et des tissus enfermés entre deux plateaux. Ces rares objets romans ont été placés là lors de la consécration de l'autel. Ils sont exposés derrière une vitrine contre un pilier du chœur[6],[10].

Des restaurations des peintures murales sont réalisées en 2003 et 2004. Des travaux de purge et de consolidation du rocher sont effectués régulièrement, les derniers sont entrepris en 2017[11].