Le château de Baños de la Encina prend place dans une importante région stratégique, à l’entrée de la vallée du Guadalquivir, et partant, de l’Andalousie. Sa construction est décidée par le calife Al-Hakam II, auteur du plus somptueux agrandissement de la Grande mosquée de Cordoue.

Les travaux de la forteresse débutent en 968, comme en témoigne une inscription gravée sur la porte, dont l’original est conservé au Musée archéologique national de Madrid. Sa construction est contemporaine de l’édification de forteresses similaires dans la région, telles que le château de Vacar dans la province de Cordoue, moins bien préservé[1].

Selon les chroniques de l’époque, le calife ordonna l’érection de plusieurs vastes enceintes fortifiées aux caractéristiques identiques le long de la route vitale menant de la Sierra Morena vers Cordoue, dans le but de loger les troupes – essentiellement composées de mercenaires maghrébins – qui se dirigeaient vers la forteresse de Gormaz (actuelle province de Soria), dans le nord d’Al-Andalus, pour y mener des actions belliqueuses contre les chrétiens. Cette ligne de fortifications ne visait pas d'objectifs défensifs, dans un pays traversant alors une longue période de paix[2].

À la suite de l'effondrement et l'émiettement du Califat de Cordoue en de multiples royaumes (les taifas) au XIe siècle, le château traverse des périodes difficiles. Il est l’objet de luttes féroces entre musulmans et chrétiens, qui voient là une pièce essentielle pour l’accès à l’Andalousie. Alphonse VII de Castille et de León l’enlève aux musulmans en 1147, mais, après sa mort en 1157, la forteresse retombe dans les mains des Maures. Alphonse VIII de Castille et Alphonse IX de León parviennent à la reprendre en 1189, sans que ce succès ne s’inscrive dans la durée : trois jours après la bataille de Las Navas de Tolosa (1212), la forteresse repasse dans le camp musulman.

Il faut attendre l’impulsion décisive donnée à la reconquête de l’Andalousie par Ferdinand III pour que le château entre définitivement dans le domaine castillan, en 1225. Le roi en fait don à l’Archevêque de Tolède, Rodrigo Jiménez de Rada, et la garde en est confiée à l’Ordre de Santiago, très impliqué dans les opérations militaires dans le sud de la péninsule Ibérique. Peu de temps après, Ferdinand III intègre le village de Baños à la juridiction de la ville de Baeza, dont il dépendra jusqu’en 1626, date à laquelle Baños de la Encina obtient le statut de villa.

En 1458, en pleine période de troubles nobiliaires en Castille, Henri IV cède la forteresse à son connétable, Lucas de Iranzo. La décision provoque l’ire de la population qui refuse de changer de juridiction. En 1466, le regidor (prévôt) de Baeza prend le château et le remet aux partisans du roi. C’est à cette époque qu’est modifiée la physionomie de la forteresse, avec l’érection de la Torre del Homenaje, le donjon. Préalablement, au XIVe siècle avait été réorganisé l’espace intérieur, avec l’édification d’un petit fortin sur la place d’armes, protégé d’une muraille intérieure, elle-même reliée à l’enceinte par deux pans de murs[3].

Lors de l’invasion napoléonienne, les troupes françaises s’approprient les lieux pour contrôler le passage dans la vallée du Guadalquivir. La municipalité fera par la suite du château le cimetière municipal. La situation se prolongera jusqu’en 1828, et affectera l’organisation interne de la forteresse[2].