La fondation de la ville et du château date de la fin du XIIe siècle au bord de la Vltava, qui était une importante voie de communication en Bohême. En 1302, la ville et le château appartiennent à la maison de Rosenberg[1].

L'empereur Rodolphe II du Saint-Empire prend possession de la ville en 1602 et la donne à son fils. Plus tard, l'empereur Ferdinand II du Saint-Empire donne la ville à la maison de Eggenberg[1]. La ville connaît au XVIIe siècle un rayonnement remarquable. Jean-Christian Eggenberg y fait édifier un théâtre baroque, au château. Ce théâtre a conservé son décor et la machinerie de l'époque[1]. Puis de 1719 à 1945, le château appartient à la Maison de Schwarzenberg[1].

Une grande partie de l'architecture de la vieille ville, remontant à une période qui va du XIVe siècle au XVIIe siècle, relève des styles gothique, Renaissance et baroque.

La ville fait partie de l'empire d'Autriche puis de l'Autriche-Hongrie (1866). En 1910, elle compte 8 662 habitants, dont 7367 Allemands et 1 295 Tchèques.

Après la Première Guerre mondiale, Český Krumlov fait partie de la Haute-Autriche en République d'Autriche allemande. En novembre 1918, les troupes tchèques occupent la ville. Pendant l'Entre-deux-guerres, la ville appartient à la Tchécoslovaquie. Entre 1938 et 1945, elle est annexée au Troisième Reich, en tant que partie du territoire des Sudètes. Les Allemands sont expulsés après la Seconde Guerre mondiale et la restauration de la Tchécoslovaquie[2]. Le château devient propriété de l'État en 1947[1].

Pendant l'ère communiste, Český Krumlov est laissée à l'abandon, mais depuis la Révolution de velours, la ville a été restaurée[2]. Elle est devenue un important centre touristique et culturel, classé en 1992 au patrimoine mondial de l'humanité par l'UNESCO[2].