Zadarin perustivat illyrialaiset. Vuonna 59 eaa. siitä tuli Rooman municipium ja 48 eaa. siirtokunta. 600-luvulla se oli Bysantin Dalmatian provinssin pääkaupunki. 800-luvulla sen valtasivat frankit, jotka luovuttivat sen takaisin Bysantille Aachehin rauhassa. 900- ja 1000-luvuilta alkaen hallitsijat olivat slaaveja. Vuonna 1105 kaupunki siirtyi Unkari–Kroatian Kolomanille (unk. Könyves Kálmán) ja joutui keskelle taisteluja Venetsian kanssa. Vuodesta 1146 kaupunki on ollut arkkipiispanistuimena. Venetsialaiset ritarit valloittivat sen viimein neljännen ristiretken yhteydessä vuonna 1202, mutta paavi Innocentius III julisti pannaan kaikki kristittyjä vastaan hyökänneet. Unkari–Kroatian Ludvig I :n kuoleman jälkeen kaupunki tunnusti herrakseen keisari Sigismundin ja tämän jälkeen Napolin Ladislasin, joka myi kaupungin Venetsialle vuonna 1409.

Turkkilaiset valtasivat lähialueet, mutta Zadar oli yksi maailman parhaiten linnoitetuista kaupungeista. Se oli myös venetsialaisen kaupan tukikohta Adrianmerellä. Venetsian kukistumisen jälkeen, vuonna 1797, Zadar joutui Itävallalle vuoteen 1918 lukuun ottamatta Ranskan valtaa vuosina 1805–1813, ja kuului Italialle vuosina 1920–1946. Liittoutuneet pommittivat kaupunkia toisen maailmansodan aikana 72 kertaa. Sodan jälkeen se liitettiin Jugoslaviaan, jolloin suuri osa italialaisista lähti pakolaisina Italiaan.

Jugoslavian hajoamissodissa kaupungissa järjestettiin serbien vaino, 2. toukokuuta 1991 Dalmatian kristalliyö (Dalmatinska kristalna noć), jossa tuhottiin 350 serbien liikettä. Myöhemmin Jugoslavian kansanarmeija ja serbitaistelijat piirittivät kaupungin, ja sitä tulitettiin tykistöllä. Piiritys kesti vuoden, tammikuuhun 1993, ja hyökkäykset satunnaisesti aina vuoteen 1995.

Zadarin asemakaava on peräisin Rooman ajoilta ja pyöreä Pyhän Donatuksen kirkko 800-luvulta. Pyhän Marian kirkko vuodelta 1091 on yksi Kroatian merkittävimmistä kulttuuriaarteista, Pyhän Rrševan kirkko vihittiin vuonna 1175. Pyhän Stošijan kirkko 1200-luvulta on suurin romaaninen kirkko Dalmastissa. Kaupungissa on myös fransiskaanikirkko ja luostari vuodelta 1282.

Zadar oli, Dubrovnikin ohella, yksi kulttuurin ja kroaatin kielen kehityksen keskuksista. Kaupungissa mainitaan vuonna 1396 olleen yliopisto osana benediktiiniläisluostaria, joka oli toiminnassa vuoteen 1807. Uusi Zadarin yliopisto (Sveučilište u Zadru) perustettiin vuonna 2003.[1]