Kreikkalaiset uudisasukkaat Visin saarelta perustivat Tragurionion 200-luvulla eaa. Siitä kehittyi Rooman vallan aikana merkittävä satamakaupunki. Läheisen Salonan kaupungin vaurastuminen vähensi Trogirin merkitystä. Slaavien vaelluksen aikana tuhotun Salonan kaupungin asukkaat pakenivat Trogiriin. 800-luvulta Trogir maksoi veroa kroaattihallitsijoille. Trogirin hiippakunta perustettiin 1000-luvulla ja lakkautettiin vuonna 1828. Kaupunginoikeudet Trogir sai vuonna 1107.

Vuonna 1123 saraseenit valloittivat ja tuhosivat Trogirin lähes täydellisesti. Kaupunki kuitenkin toipui nopeasti, ja eli voimakasta taloudellisen vaurauden kautta 1100- ja 1200-luvulla. 1200- ja 1300-luvuilla Trogirin asukkaat valitsivat toistuvasti Šubićin perheen jäsenen herttuaksi.

Vuonna 1420 alkoi pitkä Venetsian valtakausi, joka päättyi vuonna 1797. Tämän jälkeen Trogir siirtyi osaksi Habsburgien valtakuntaa, johon se kuului aina vuoteen 1918, lukuun ottamatta lyhyttä ranskalaisaikaa vuosina 1806–1814. Ensimmäisen maailmansodan jälkeen Trogirista tuli osa Jugoslavian kuningaskuntaa. Toisen maailmansodan aikana italialaiset valloittivat kaupungin, joka vapautettiin vuonna 1944. Siitä lähtien se kuului Jugoslaviaan, kunnes se itsenäistyi muun Kroatian mukana vuonna 1991.